Kvindelige egern reproducerer ved parring og fødes derefter levende unge. De er i stand til at starte parringsprocessen i en alder af et år. Den første parringssæson begynder i slutningen af vinteren, normalt omkring slutningen af februar. Sæsonen kan vare indtil maj. Den anden parringssæson finder sted i slutningen af foråret og varer indtil sensommeren. De fleste egernarter har to kuld; en i slutningen af foråret og en i slutningen af sommeren. Nogle arter bærer kun lidt en gang om året. Baby egern kaldes killinger.
Kvindelige egern afgiver en stærk duft, som den mandlige egern kan opdage. Når det mandlige egern dufter kvinden, vil han jage hende i høje hastigheder gennem træer. Han vil også slå barken på træet højt med sine poter. Hvis mere end en mand jagter en kvinde, vil hannerne ofte også prøve at jage hinanden af. Dette resulterer i forbløffende akrobatik gennem træerne. Kvinden vælger den stærkeste mand at parre sig med. Hun vil være i stand til at genkende ham fra den dag og frem og vil gøre ondt for aldrig at parre sig med ham igen. Efter parring forlader den mandlige egern for godt. Han har intet at gøre med opdræt af killingerne.
Det gennemsnitlige kuld i et egern består af to til fem killinger. Drægtighedsperioden er omkring seks uger, selv om nogle arter af egern har en drægtighedsperiode så kort som fire uger og andre så længe som otte uger, såsom grå og ræveekorn.
Baby egern eller killinger er små ved fødslen. De vejer omkring en ounce og er cirka en tomme lange. De er hårløse, uden tænder og er næsten blinde i de første en til to måneder af livet. De vokser dog hurtigt og er normalt fravænnet efter ti ugers alderen. Da de er fire måneder gamle, har de fleste baby egern forladt deres mors rede for godt.