Livet har blomstret i Costa Ricas regnskove og havmiljøer (en ud af 20 af alle plante- og dyrearter findes i Costa Rica), men der er også over 100 arter der på Den Internationale Union for Bevaring af Natur og Naturressourcer truede arter liste. Skovrydning, habitatkonvertering og forurening er synderne bag mange arts dæmpning.
Pattedyr
Costa Rica har en af de rigeste populationer af flagermus i verden, der består af halvdelen af pattedyrspopulationen. Flagermusarter på listen spænder fra den store rovdyrspektrale flagermus til den hvide flagermus i Honduras, kun omkring 37 til 47 mm i længden, selvom begge har lav risiko. Felines som den lille plettede kat, costaricansk cougar og centralamerikansk jaguar er blevet forfulgt fra deres levesteder og tamarin på bomuld, kappe og Geoffroy's primater af edderkeape er blevet stærkt formindsket. Andre truede pattedyr inkluderer den gigantiske myresluger, Sambar-hjorte og Bairds tapir.
Fugle
Costa Rica er hjemsted for 894 fuglearter, mere end i USA og Canada tilsammen. Af disse er over 600 permanente beboere, inklusive den truede paraplyfugl med sort hals, sort guan og blå-og-guld-tanager, men fugle som den ceruliske sanger og elegante tern er vandrende. Cocos Island finken ligger på Cocos Island 360 miles ud for Costa Ricas kyst. Det er den eneste af Darwins finker, der ikke er helt endemiske for Galápagos. Andre truede fugle inkluderer velkendte arter som ørnen (sort ensom ørn), ara (storgrøn ara), kolibri (mangrove kolibri) og papegøje (papegøje med rød front).
Krybdyr og padder
Den femkølede spiny-tailed iguana og den smalbroede mudderskildpadde er et par af de krybdyr, der er truet, men der er mange flere truede padder, hvoraf de fleste er frøer eller salamandere, der typisk er repræsenteret af stor mangfoldighed i regnskoven miljøer. Lemurbladfrøen og Starrett's treefrog er opført som kritisk truet. Så er El Empalme-ormsalamander og to arter af padder: Pico blanco-padden og passerer stubfoot-padden. Monte Verde gyldne tudse er ikke set siden 1989 og anses for at være uddød.
Fisk
De fleste af de costaricanske fisk på listen over truede arter er enten næsten truede eller sårbare. Disse inkluderer olivengrouper, stillehavshest og kronehaj. Et antal stråler er også på listen, såsom bullseye elektrisk stråle i Stillehavet og cownose stråle i Atlanterhavet.
Hvirvelløse dyr
Der er et antal truede skyggedamser, insekter, der ligner guldsmede. Disse omfatter sortryggede, langstrakte, chiriquita-, kakao- og reventazon-arter. Mange af de andre truede insekter er østjernede guldsmed som limon, pukkel, catago, vulkan, alajuela og hornede arter. To arter af ferskvandskrabber og flere marine koraller kom også på IUCN-listen.
Planter
Der er over 9.000 kendte plantearter i Costa Rica. Truede planter inkluderer medlemmer af bælgfrugterfamilien såsom abarema og lancepoden, hvoraf sidstnævnte stammer fra dens lanselignende frugt. Der er også 24 arter af den blomstrende plante eugenia, ni arter af den aromatiske plante quararibea og to arter af slægten virola, som er tæt beslægtet med muskatnød og har gule blomster med en skarp lugt. Andre store truede slægter inkluderer koralbær, blæserpalme cryosophila og det stedsegrønne eller tørre sæson løvfældende træ cedrela. Costa Ricas jatropha, manilkaratræ og gavilán blanco-træ er specifikt truede plantearter.