Delvist beliggende i de nordlige Andes med kystlinjer på både Stillehavet og det Caribiske Hav, Colombias unikke geografi skaber fem meget særprægede økosystemer inden for dets grænser: alpintundra eller paramo; regnskov; skyskove i høj højde; kystregioner og sletter - eller los llanos. Fordi Colombia er så tæt på ækvator, gennemgår den ikke væsentlige sæsonvariationer.
Paramos
Paramos er tropiske økosystemer i høj højde, der lige er begyndt at blive forstået af det videnskabelige samfund. Forskning har vist, at disse unikke økosystemer genererer nye arter hurtigere end noget andet økosystem på jorden. De colombianske paramos er hjemsted for 68 arter af frailejones, blomstrende planter, der fanger vand fra forbi tåger. Sammen med økosystemets lav og mos filtrerer og regulerer frailejones vand, der til sidst passerer ned i Columbia's nedre højder. Colombianske paramos er også hjemsted for omkring 5.000 andre unikke plantearter.
Sky skove
Siddende lige under paramoserne i højde er Colombias skyskove. Disse skove er inkluderet i landets Las Orquídeas nationalpark, opkaldt efter de mere end 200 arter af orkideer der findes. Skyskovene indeholder også mange andre arter hjemmehørende i Colombia, herunder arter af jaguar, puma, abe, hjorte, fugle, flagermus og insekter. Skyskovene er også hjemsted for den truede brillebjørn. Forskere mener, at klimaændringer kan påvirke bjørnenes yndlingsplanter at spise - tvinger dem til at søge hårdere og længere efter mad og muligvis sætte dem i konkurrence med andre arter.
Amazonas regnskov
Cirka en tredjedel af Colombia er dækket af Amazonas; ligesom resten af verdens største regnskov er dette område hjemsted for mange unikke arter. I 2013 afslørede forskerne opdagelsen af to nye arter i den colombianske Amazonas: Cercosaura hypnoides og Callicebus caquetensis. Cercosaura hypnoides er en lille sort firben, der menes at være truet, og Callicebus caquetensis er en af omkring 20 arter af titi abe, der lever i Amazonas. Når disse aber er babyer, viser de deres tilfredshed og hengivenhed ved at purre, som killinger.
Kystregioner
Kystregionerne i Colombia, der sidder ved grænserne for vand- og terrestriske økosystemer, er primært hjemsted for mangroveskove. På grund af den store mængde nedbrydende organisk materiale er disse kystøkosystemer hjemsted for et stort antal fisk. Mangroveskovene indeholder adskillige arter af mangrover samt en voksende bestand af toskallede havdyr og bløddyr; lokalsamfund høster ofte toskallingen kendt som piangua hembra. Et antal pattedyr beboer disse mangroveskove, herunder tigerkatte, nutria og vilde svin kendt som "tatabro".
Los Llanos (sletter)
Græsarealerne eller Los Llanos sidder primært omkring Orinoco-flodbassinet, som ligger mellem Colombia og Venezuela. Selve floden er hjemsted for den indfødte og truede Orinoco-krokodille, som har været kendt for at nå 23 fod i længden. Orinoco skildpadden, kæmpe odder, kæmpe bæltedyr og sort-og-kastanje ørn er andre truede arter af Los Llanos. Sletterne er også vært for mange trækfugle, såsom gulben og flere arter af sandpiper.
