Bare lidt mindre i størrelse end den amerikanske delstat Colorado, står New Zealands økosystemer over for mange miljøudfordringer, fordi landet både er en økonomisk udviklet nation og en ø fællesskab. Mens mange udviklede lande som USA står over for lignende økosystemtrusler, såsom invasive arter og industriel forurening, ønationer som New Zealand står over for øgede trusler fra det globale havniveau stiger og presset på naturressourcer som havet fiskeri.
Invasive arter
Menneskelig introduktion af ikke-indfødte dyr og planter til New Zealands økosystemer har alvorligt påvirket indfødte arts sundhed. Kiwien, en flyvefri fugl, der er landets nationale dyr, står over for truslen om udryddelse med 90 procent af ifølge New Zealand Department of Conservation dræbes alle nye kyllinger af invasive arter som stoats. Invasive planter som klatrende asparges påvirker også New Zealands skovøkosystemer ved at sprede sig over undergrunden og forhindre oprindelige planter i at regenere.
Industriel forurening
Anslået halvdel af alle søer i New Zealand er forurenet, de fleste floder opfylder ikke sundhedsstandarder for svømning, og halvdelen af alle indfødte fisk er opført som truede arter, ifølge Forest and Bird organisation. Disse vandvejes sundhed og deres økosystemer forværres af dræning af naturlige vådområder, der fungerer som filtre for ferskvandsområder. Forest and Bird-organisationen vurderer, at 90 procent af New Zealands vådområder er drænet til indramning og udvikling.
Klima forandring
Som ø-nation er New Zealands økosystemer også truet af stigende havniveauer forårsaget af menneskeskabte globale klimaforandringer. Det newzealandske miljøministerium forventer, at forventet stigning i havniveauet vil føre til øget kystserosion og større indtrængen af havvand i blandt andet brak flodmundinger trusler. Sådanne ændringer truer klit- og østlige samfundsøkosystemer, som kan gå tabt ved erosion, og flodmundingsøkosystemer, som ikke er i stand til at tåle saltvandets saltindhold.
Reduktion af biodiversitet
Planter og dyrs mangfoldighed og sundhed hjælper med at definere et stærkt økosystem og betegnes ofte biodiversitet. I New Zealand har jagt og ødelæggelse af levesteder ført til, hvad miljøministeriet anser for "alvorlig tilbagegang." Embedsmænd vurderer, at 32 procent af indfødte land- og ferskvandsfugle i New Zealand er udryddet, og yderligere 800 arter af dyr, planter og svampe betragtes truet.