Patogener er mikrober, der forårsager sygdom hos deres værter. Mens planter normalt har mere at frygte fra jordbårne patogene svampe end fra jordbårne bakterielle sygdomme, forårsager en række patogene bakterier, der lever i jord, også sygdomme i planter. Der er for mange arter af jordplantepatogener til at liste dem alle, men følgende er nogle af de vigtigste eller mest almindelige. Et par arter af bakterier i jorden kan også vise sig at være farlige eller dødbringende for mennesker.
Clostridium botulinum
C. botulinum er en gram-positiv bakterie (dvs. en bakterie, der tester positivt på Gram-farvningstesten), der danner hårdføre, holdbare sporer. Når sporerne finder de rigtige forhold, spirer de og begynder at vokse. De kan producere et dødeligt protein kaldet botulinumtoksin, der virker på nervesystemet hos mennesker og andre pattedyr for at blokere frigivelsen af en vigtig neurotransmitter kaldet acetylcholin. C. botulinum sporer findes i jord og vand i mange regioner rundt om i verden. De er anaerobe og vokser kun i fravær af ilt; sure forhold hæmmer deres vækst. Selvom C. botulinum forårsager undertiden fatale tilfælde af en fødevarebåren sygdom kaldet botulisme, det stærke toksin produceret af bakterie er også blevet anvendelig til lammelse af muskelvæv hos mennesker som en del af forskellige medicinske eller kosmetiske midler procedurer. Når det anvendes som et terapeutisk middel, er botulinumtoksin kendt under dets handelsnavn, Botox.
Erwinia carotovora
E. carotovora er et meget destruktivt patogen, der forårsager sygdom i en lang række planter, herunder kartofler og de fleste andre kødfulde grøntsager. Denne gramnegative, stavformede bakterie kan invadere afgrøderne i marken eller under opbevaring. Underarten E. carotovora carotovora overlever godt i jord og overfladevand; det kan vokse i rodzoner i mange andre ikke-hosteafgrøder eller endda ukrudtsarter, invaderende kartofler eller andre sårbare afgrøder, når muligheden byder på. Almindelige kartoffelsygdomme forårsaget af E. Carotovora inkluderer sortben, luftstængleråd og knoldblød rådne.
Streptomyces fnat
Streptomyces scabies er grampositive bakterier, der sammen med to andre Streptomyces-arter (S. acidiscabies og S. turgidiscabies) kan inficere kartofler og andre rodafgrøder som rødbeder, radiser, majroe, gulerødder og pastinakker. Det er usædvanligt, at når det vokser, danner cellerne filamenter, der ligner dem, der er dannet af svampe - omend langt mindre. Filamenter af S. fnat kan derefter bryde af for at danne sporer. Bakterierne spredte sig ved at invadere unge, friske væv og få adgang til ældre væv ved hjælp af sår eller naturlige åbninger.
Xanthomonas
Xanthomonas er en slægt, der indeholder mange vigtige plantepatogener. Selvom de ikke varer meget længe i jorden, kan nogle arter overleve i jorden om vinteren og inficere en ny afgrøde om foråret. Som alle andre proteobakterier er de gramnegative. Arten X. campestris forårsager sort rådne i en lang række planter og er måske det vigtigste medlem af slægten. Ironisk nok dyrkes den samme bakterie kommercielt for at producere xanthangummi, et almindeligt fødevaretilsætningsstof.
