Cambodja har den tredjestørste skovrydningsgrad i verden, der er motiveret af træhøst såvel som tydelig for landbruget. Skovrydning ødelægger levesteder og forstyrrer balancen mellem sarte tropiske jordarter. Uden træer, der holder jorden på plads og genopfylder organisk materiale med bladaffald, eroderer jorden hurtigt og mister meget af sin fertilitet i de første par år med dyrkning.
Cambodjas kystøkosystemer, hvoraf mange er mangroveskove, der giver vigtige gydepladser for fisk og beskyttelse mod oversvømmelser, trues af flere faktorer. Kystøkosystemer kvæles af sediment, der skylles løs fra nyligt skovbevoksede områder inde i landet. Disse farvande bærer også farlige pesticider og gødning. Dårligt regulerede rejer gårde får mangrover til at blive ryddet og frigiver overskydende næringsstoffer i vandet, hvilket resulterer i tilvækst af alger og forstyrrelse af økosystemet.
Mens Cambodja industrialiserer sig, strømmer folk til byområder, som vokser for hurtigt til, at sanitetsinfrastruktur kan følge med. Mange områder har ingen kloaksystemer, eller de er i bedste fald dysfunktionelle. Spildevand og industrielt spildevand forurener grundvand og overfladevand i mange byområder. Farligt fast affald finder ofte vej til åbne lossepladser, hvor det kan udvaskes i grundvand eller blæses af vinden.