En centrifuge er et apparat bestående af et rum, der drejer på en central akse. Den roterende bevægelse får materialer til at adskille sig baseret på deres forskellige tyngdekraft. En centrifugerotor er centrifugens roterende enhed, som har faste huller boret i en vinkel. Reagensglas placeres inde i disse huller, og rotoren drejer for at hjælpe med at adskille materialerne. Der er tre typer centrifugerotorer: svingeskovl, fastvinklede og lodrette rotorer.
En sving-skovlrotor understøtter normalt prøver i volumen fra 36 ml til 2,2 ml. Gyngespande kan understøtte to typer adskillelser: rate-zonal og isopycnic. Gynge-skovle foretrækkes til adskillelse af hastighedszoner, fordi afstanden mellem meniskens yderside og ydersiden af bunden af røret er lang nok til, at der kan ske adskillelse.
Rotorer med fast vinkel bruges normalt til pelleteringsapplikationer til enten pelletspartikler fra en suspension og fjern det overskydende snavs eller til opsamling af pelleten. Rotorhulrum varierer fra 0,2 ml til 1 ml. Det vigtigste aspekt ved beslutningen om at bruge en rotor med fast vinkel er K-faktoren. K-faktoren angiver, hvor effektiv rotoren kan pelletere ved maksimal hastighed. Jo lavere K-faktor, jo højere pelleteringseffektivitet.
Lodrette rotorer er meget specialiserede. De bruges typisk til at binde DNA i cæsiumchlorid. Lodrette rotorer har meget lave K-faktorer, hvilket er nyttigt, hvis partiklen kun skal bevæge sig en kort afstand, indtil den pelleterer. Driftstiden på lodrette rotorer er kort.