Vědci používají průtokovou cytometrii k rozlišení mezi různými typy buněk nebo mikroskopických organismů. Jedná se o nástroj používaný v mnoha aplikacích, jako je lékařská diagnostika nebo forenzní patologie. I když je tato experimentální technika poměrně snadná, je analýza komplexních dat vyrobena průtokovým cytometrem je obtížnější kvůli mnoha experimentálním faktorům a / nebo cytometru parametry. Proto je rutinní vizualizovat a analyzovat cytometrická data pomocí sofistikovaných profesionálních programů, jako je CELLQuest nebo FlowJo. Znalost technik průtokové cytometrie, strojů a softwaru je nutná, aby bylo možné porozumět výsledkům, které tyto metody přinášejí experimenty.
Objasněte cíl experimentu dotazem: „Jaká otázka nebo hypotéza byla zkoumána?“ Tohle bude je nutné upravit nezpracované výsledky do příslušného formátu a nastavení pro další analýzu pomocí statistické cytometrie software. Proveďte jakékoli nezbytné změny, aby se údaje zobrazovaly s příslušným nastavením (např. Pozitivní buňky, negativní hradla, intenzita fluorescence, populace buněk atd.).
Najděte brány. Buňky lze seskupit nebo jednoduše pozorovat seskupené dohromady na grafu hustoty nebo obrysovém diagramu. Skupiny se často oddělují podle své identity. Pokud se jedna skupina velmi intenzivně obarví pro určitý marker nebo protilátku, dojde se k závěru, že všichni členové této skupiny mají identitu specifického buněčného typu, který tento marker exprimuje. Je běžné najít buňky, které jsou pozitivní na více než jeden z těchto markerů, a tyto buňky jsou obvykle přechodné a označují se jako „dvojitě pozitivní“.
Podívejte se na scattergraphs. Způsob, jakým se skupiny buněk šíří v bodovém grafu, ukazuje na velikost buněk. Buňky s velmi velkými nebo vysokými rozptyly jsou obvykle velké buňky; mohou však být velké jednoduše proto, že obsahují vysoký podíl cytoplazmy, nebo mohou být vysoké, protože mají velmi velké jádro. V závislosti na zkoumané biologii se to samozřejmě bude mezi experimenty značně lišit.
Podívejte se na čísla. Upravte grafy tak, aby se na jedné ose (obvykle na ose X) zobrazovaly různé parametry, přičemž počty na ose Y udržujte. To označuje podíl populace vzorku, který je pro daný konkrétní parametr pozitivní, jako a pík bude normálně pozorován v pozitivně obarveném vzorku, který bude nepřítomný v negativní kontrole vzorek.
Podívejte se na histogramy s více parametry. Nastavením osy X a osy Y představují každý jiný parametr, který byl zkoumané během experimentu, je možné získat hlubší pochopení vlastností vzorku. Například nastavením osy X na červenou fluorescenci a osy Y na zelenou fluorescenci lze vypočítat brány ve stylu kvadrantu pro vzorek pro zobrazení čtyř oblastí kvadrantu, ve kterých jsou buňky přítomné a obarvené buď na červenou nebo zelenou fluorescenci, obě barvy nebo žádnou na Všechno. To umožňuje rozdělit heterogenní vzorek na jeho součásti a vizualizovat a kvantifikovat všechny překrývající se entity.
Reference
- „Analýza údajů o průtokové cytometrii“; Susan Sharrow; 1991
- „Flow cytometry: instrumentation and data analysis“; Marvin Van Dila; 1985
- „Protokoly průtokové cytometrie“; Teresa a Robert Hawley; 2004
o autorovi
Palmer Owyoung je držitelem titulu Master of Arts v mezinárodním obchodu na Kalifornské univerzitě v San Diegu a Bakalář umění v sociologii z University of California v Santa Barbaře a je vyškolený molekulár biolog. Od roku 2006 je spisovatelem na volné noze. Kromě psaní se věnuje obchodování na Forexu a internetovému marketingu na plný úvazek.
Fotografické kredity
Polka Dot RF / Polka Dot / Getty Images