Mikroskop se používá v různých vědeckých oborech pro mnoho různých účelů. Ať už jde o forenzní nebo tradiční lékařskou vědu, mikroskop je nepostradatelným nástrojem.
Analýza tkání
Je běžné, že histologové studují buňky a tkáně pomocí mikroskopu. Například pokud je část tkáně odebrána k analýze, mohou histologové použít mikroskop v kombinaci s jinými nástroji k určení, zda je vzorek rakovinný.
Zkoumání forenzních důkazů
Důkazy shromážděné na místě činu mohou obsahovat informace, které nejsou viditelné pouhým okem. Například pruhování v kulkách lze zkoumat pod mikroskopem a zjistit, zda se shodují s kulkami vystřelenými z konkrétní zbraně.
Stanovení zdraví ekosystému
Je běžné, že polní biologové sledují zdraví konkrétního ekosystému, jako je potok, pomocí mikroskopů k identifikaci počtu a rozmanitosti organismů v konkrétní oblasti čas.
Studium role proteinu v buňce
Vědci z výzkumu shledávají mikroskopy neocenitelným nástrojem při studiu funkce proteinů v buňkách. Díky dnešní technologii lze mnoho proteinů označit štítkem a studovat v živých buňkách.
Studium atomových struktur
Výkonné mikroskopy, jako jsou mikroskopy s atomovou silou, pomohly vědcům při studiu povrchů jednotlivých atomů.