Úrovně klasifikace mikrobiologie

V 19. století byla v biologii zuřivost taxonomie - klasifikace živých organismů. Amatéři i profesionální přírodovědci byli tak posedlí šílenstvím shromažďování a identifikace tvorů, vzácní brouci byli horkými komoditami. V té době se o mikroorganismech a jejich místě ve světě živých věcí vědělo jen málo a klasifikaci mikrobiologie se nevěnovalo tolik pozornosti. V uplynulých desetiletích došlo k dramatickému nárůstu znalostí o mikrobech a metodách identifikace mikroorganismů, přičemž část tohoto nárůstu byla prokázána efektivní klasifikací mikroorganismy.

Taxonomie má tři složky: nomenklaturu, klasifikaci a identifikaci. Nomenklatura jednoduše přiřadí jméno druhu. Klasifikace seskupuje druhy podle společných charakteristik - z nichž některé jsou fyzikální a některé biochemické. Identifikace využívá vlastnosti organismu k určení, kam patří v klasifikačním schématu. Moderní taxonomické schéma má jako svou největší a nejvíce inkluzivní skupinu domény. Nejmenší skupinou je druh. Od nejobsáhlejších po nejkonkrétnější úrovně probíhají takto: doména, království, kmen, třída, řád, rodina, rod a druh. Jste například Eukarya Animalia Chordata Mammalia Primát Hominidae Homo sapiens.

Mikroorganismy jsou extrémně rozmanité. Nejsou definovány žádným konkrétním druhem struktury nebo funkce, ale jednoduše jejich velikostí. Mikroorganismy jsou tak různorodé, že spadají do všech tří různých klasifikací nejvyšší úrovně - do všech tří domén. Jedna doména jsou bakterie, druhá je archaea a konečná je eukarya. Všichni členové domén bakterií a archea jsou jednobuněčné mikroorganismy. Jsou to obě buňky bez membrán oddělujících jejich genetický materiál od zbytku buňky - membrány, které definují jádro. Takže všechna království, phyla, třídy, řády, rodiny, rody a druhy v doménách bakterií a archea jsou mikroorganismy.

Eukarya jsou organismy, jejichž buňky obsahují jádro. Mnoho eukaryotických organismů jsou jednobuněčné mikroorganismy, ale mnoho dalších - například sekvoje nebo vy - není. Jsou tedy nutné další klasifikace. Království Protista v doméně Eukarya se skládá pouze z jednobuněčných mikroorganismů. Protisti jsou rozděleni do tří různých skupin kmenů: čtyři různé řasy, čtyři různé prvoky a dvě různé formy. Ale všechny organismy v těchto kmenech - všechny v království Protista - jsou mikroorganismy.

Království Houby je obsaženo v doméně Eukarya. Některé z kmenů uvnitř hub obsahují mikroorganismy. Například kmen Zygomycota obsahuje mikroskopické formy na chléb a kmen Ascomycota obsahuje kvasinky a mikrobiální škůdce a parazity. Lišejníky jsou symbiotické shromáždění houby a fotosyntetického organismu - obsažené částečně v království hub a částečně v jiných královstvích, nebo dokonce v jiných doménách.