Klonování je ve vědecké komunitě horkým etickým problémem, ale bakterie se neustále klonují. V procesu zvaném binární štěpení jedna bakterie zdvojnásobuje svou velikost a genetický materiál, poté se rozdělí a vytvoří dvě identické buňky.
Ve srovnání s eukaryotickým dělením buněk nebo mitózou je binární štěpení relativně jednoduchým procesem. Nejprve bakterie kopíruje svoji DNA - genetický materiál, který je v bakteriích kruhový. DNA poskytuje všechny informace potřebné k vytvoření identické buňky. DNA se poté segreguje na opačných koncích buňky a proteiny nezbytné pro buněčné dělení se shromažďují ve středu buňky. Bakterie obvykle zdvojnásobuje svou intracelulární tekutinu, nazývanou také cytoplazma. Proteiny štěpí buňku na dvě části a ve většině bakterií je k dokončení dělení vytvořena nová buněčná stěna.
Výhodou binárního štěpení z pohledu bakterií je, že je rychlé a jednoduché. Z hlediska kontroly a prevence nemocí je binární štěpení výhodné, protože zjednodušuje výrobu léků. K léčbě bakteriální infekce je obvykle zapotřebí pouze jeden lék, protože všechny bakterie jsou identické a budou reagovat stejným způsobem. Bohužel se však u některých bakterií rozvíjí rezistence vůči léčivům prostřednictvím mutací, díky nimž je infekce mnohem obtížnější léčit.
