Je důležité důkladně vyčistit sklíčka mikroskopu po každém použití, protože jinak riskujete znečištění sklíčka při příštím použití. Bity vzorku, které použijete na tomto snímku, se mohou smíchat se vzorkem použitým na dalším snímku a zničit ho. Správné čištění sklíček naštěstí vyžaduje jen malé úsilí.
Na každé podložní sklíčko mikroskopu vložte malou kapku čisticího roztoku. Může to být tekutina na mytí nádobí nebo to může být specializovanější čisticí roztok pro sklíčka, jako je například roztok ethylalkoholu.
Naneste mýdlo rovnoměrně na obě strany sklenice pomocí něčeho, co nepoškrábe sklíčko, například utěrkou z mikrovlákna, která nepouští vlákna.
Sklíčko důkladně opláchněte teplou tekoucí vodou. Pokračujte, dokud nezmizí veškerá čisticí kapalina, včetně všech dalších bublin, které se objeví.
Blokujte sklíčko papírovým ručníkem, dokud není suchý. Případně můžete sklíčka vysušit ručníky z mikrovlákna. Ujistěte se, že ručník, který používáte, je čistý pro každý nový snímek. Možná budete muset po určitém počtu snímků přejít na nový ručník.
Vložte každý hotový snímek zpět do pouzdra. Každý případ obvykle nese 25 snímků. Ujistěte se, že každý snímek zapadne na správné místo. Pokud se pokusíte přetížit pouzdro více diapozitivy, než je možné, mohly by se diapozitivy o sebe bouchnout a prasknout.
Ponechte sklíčka v pánvi po celý den. To by mělo být dostatečné množství času, aby se mohla uvolnit krev, olej nebo jiný materiál.
Pomocí gázy potřete každý snímek jednotlivě na obou stranách, dokud nejsou čisté. Sklíčka nechávejte ve vodě maximálně jen několik dní. Pokud necháte sklíčka ve vodě s čisticím prostředkem několik týdnů nebo déle, riskujete, že se voda odpaří. Na sklíčkách tak zůstanou zbytky čisticího prostředku, které bude obtížné odstranit.
Očistěte diapozitivy zabalte do listů čistého papíru, dokud nejsou připraveny k opětovnému použití. To vám umožní ukládat snímky blíže k sobě, pokud pouzdro není k dispozici. Ukládejte sklíčka někde na suchu. Pokud tak neučiníte, snímky se kvůli vlhkosti spojí. Poté budete muset sklíčka před použitím znovu promýt, protože by mohla být kontaminována vlhkým vzduchem.