Iontová výměna je široce používána pro úpravu vody v průmyslových i komunálních systémech úpravy vody. Tento proces poskytuje mnoho výhod oproti jiným metodám léčby. Je šetrný k životnímu prostředí, může poskytovat vysoký průtok upravené vody a má nízké náklady na údržbu. Spolu s těmito výhodami existují určité nevýhody spojené s iontovou výměnou, jako je znečištění síranem vápenatým, železo znečištění, adsorpce organických látek, organická kontaminace pryskyřicí, bakteriální kontaminace a chlor kontaminace.
Nejběžnějším regeneračním činidlem (chemikálie používaná k dobíjení pryskyřice) používaným pro kationtovou pryskyřici je kyselina sírová. Některá extrémně tvrdá voda obsahuje vysoké množství vápníku a když tento vápník reaguje s regenerující se kyselinou sírovou, vytváří během regeneračního procesu síran vápenatý jako sraženinu. Tato sraženina může znečistit kuličky pryskyřice a může zablokovat potrubí v nádobě.
Napájecí voda z vrtů podzemní vody má rozpustné železo ve formě železného iontu. Malé množství tohoto železa se odstraní změkčovači iontové výměny, ale pokud tato napájecí voda přijde do styku se vzduchem před úpravou, železné ionty se přemění na železité ionty. Tyto železité ionty se po reakci s vodou vysráží jako hydroxid železitý. Tato sloučenina může ucpat pryskyřičné kuličky a ovlivnit účinnost pryskyřice. To může dokonce vést k selhání sloupce změkčovače.
Napájecí voda z jezer a řek obvykle obsahuje vysoké množství rozpuštěné organické hmoty. Žlutá nebo hnědá barva této napájecí vody je způsobena rozpadající se vegetací a dalšími organickými látkami v ní obsaženými. Tyto organické látky mohou být trvale adsorbovány v pryskyřičných kuličkách, což vede ke snížené účinnosti pryskyřice. Kvalita upravené vody se tak zhoršuje. Tyto organické znečišťující látky lze odstranit před zpracováním pryskyřicí zpracováním napájecí vody kamencem za účelem vysrážení organické hmoty.
Samotná iontoměničová pryskyřice se někdy může stát zdrojem organické kontaminace. Nová iontoměničová pryskyřice často obsahuje organické prvky, které zůstávají v pryskyřičných kuličkách po výrobě. Taková kontaminace pryskyřice může být ošetřena průchodem upravené vody přes ultrafiltrační úpravnu.
Iontoměničové pryskyřice neodstraňují z napájecí vody mikroorganismy, jako jsou bakterie, ale někdy pomáhají při růstu bakterií. Pryskyřičná lůžka mohou akumulovat organickou hmotu, která slouží jako zdroj živin pro další růst bakterií. Pokud je po ošetření vyžadována sterilní voda, měla by být demineralizovaná voda vyrobená v iontoměničové úpravně upravena teplem, ultrafialovým zářením nebo velmi jemnou filtrací. Iontoměničová pryskyřičná lůžka mohou být také ošetřena dezinfekčními prostředky, jako je formaldehyd, ale ne působením tepla nebo chloru, protože by došlo k poškození pryskyřice.