Primárním účinkem ničení stanovišť je snížení biologické rozmanitosti, což se týká rozmanitosti a hojnosti různých druhů zvířat a rostlin v konkrétním prostředí. Když zvíře ztratí přirozený domov nebo stanoviště, které potřebuje k přežití, jeho počet rychle klesá a postupuje k vyhynutí. Odhaduje se, že 14 000 až 35 000 druhů je vystaveno riziku vyhynutí a ničení stanovišť je jednou z hlavních příčin.
Opylování a šíření semen
Divoké i zemědělské rostliny závisí na opylování pro reprodukci. Ovoce a zelenina, klíčové součásti lidské stravy, závisí na přenosu včel a jiného hmyzu na pyl z květu na květinu. Když ničení biotopů snižuje odrůdy těchto opylovačů, výnosy plodin také klesají. Například neostré včely na Kostarice, které hnízdí pouze v lesích, zvyšují výnos na kávových plantážích poblíž lesních záplat o 20 procent. Mnoho rostlin se při šíření semen spoléhá také na zvířata, zejména ta, která konzumují ovoce. Zničení stanoviště zvířat tohoto typu může vážně ovlivnit druhy rostlin, které na nich závisí.
Regulace klimatu
Biodiverzita ovlivňuje klima hlavně prostřednictvím regulace množství oxidu uhličitého v atmosféře. Ničení lesních stanovišť snižuje kapacitu lesů absorbovat oxid uhličitý. Rychlost růstu a dřevnatost rostliny určuje rychlost obratu uhlíku v ní. Důležité jsou také krajinné vzory, protože sekvestrace uhlíku je omezena na okrajích lesních fragmentů. Při sekvestraci uhlíku hrají významnou roli také mořské ekosystémy.
Boj proti škůdcům a chorobám
Škůdci se často zaměřují na konkrétní druhy rostlin. Když jsou stanoviště zničena a rozmanitost rostlin je snížena, prostředí obsahuje více konkrétního druhu rostlin. To usnadňuje šíření škůdců. Rozmanitost rostlin poskytuje stanoviště pro větší rozmanitost hmyzu a jiných zvířat a pro přirozené nepřátele škůdců. Plísňové choroby rostlin jsou závažnější v monokulturních oblastech, kde se pěstuje jeden druh plodiny.
Nepřímé účinky
Výroba potravin, oděvů a přístřeší pro člověka závisí mnoha nepřímými způsoby na biologické rozmanitosti ekosystémů. Vysoká rozmanitost zemědělských plodin chrání zemědělce před selháním plodin. Ničení stanovišť a snižování rozmanitosti druhů může způsobit, že ekosystémy budou zranitelnější vůči invazivním druhům, a nepřímo tak ovlivnit lidské zdraví a pohodu. Účinek invazivních druhů je ilustrován tím, co se stalo, když byly basy zavedeny do jezera Gatun v Panamě. Přítomnost basy vedla ke snížení predátorů larev komárů a ke zvýšení výskytu malárie.