Existuje mnoho různých typů ekosystémů. Vodní ekosystémy tvoří velkou část světových ekosystémů a lze je klasifikovat jako sladkovodní ekosystémy nebo mořské ekosystémy. Obyvatelé jakéhokoli typu ekosystému budou přizpůsobeni přežití v konkrétním souboru podmínek, které daný ekosystém představuje.
Ekosystém je společenství držené pohromadě komplexními interakcemi mezi biotickými a abiotickými faktory v dané oblasti. Biotickými faktory ekosystému jsou živé části, jako jsou rostliny, zvířata, bakterie a houby. Mezi abiotické faktory patří půda, voda a jiné neživé předměty přítomné v životním prostředí. Ekosystém může být velký jako poušť nebo malý jako příliv. Živých věcí bude jen tolik, kolik bude možné zajistit dodávkou potravin. Interakce, jako jsou predátor-kořist a vztahy mezi potravinami a potravinami, určují populaci ekosystému. Každá živá bytost má svou roli, kterou musí plnit a která přispívá k celkovému úspěchu a přežití ekosystému.
Termín námořní označuje ekosystém související s oceány. Podle Agentury pro ochranu životního prostředí (EPA) tvoří mořské ekosystémy přibližně 70 procent světových ekosystémů. Mořské ekosystémy jsou jedinečné díky suspendovaným rozpuštěným sloučeninám ve vodě, zejména solím. Organismy malé jako mikroskopický plankton a velké jako velryby obývají různé druhy mořských ekosystémů. Mezi mořské ekosystémy patří oceány, ústí řek a slaniska, korálové útesy, mangrovové lesy, laguny, řasy z mořských řas a přílivová zóna, která se táhne na pláže.
Existuje mnoho druhů sladkovodních ekosystémů. Řeky, jezera, rybníky a potoky jsou nejčastějšími sladkovodními zdroji. Nádrže, mokřady a zdroje podzemní vody jsou rovněž považovány za sladkovodní ekosystémy. Sladkovodní ekosystémy neobsahují ve vodě stejné rozpuštěné látky jako mořské ekosystémy, takže zvířata a rostliny, které tam žijí, by v mořském ekosystému nepřežily. Protože sladká voda neobsahuje sůl, je náchylnější k mrznutí a rozmrazování. Sladkovodní rostliny a živočichové se přizpůsobili tak, aby přežili tento proces. Mají také dýchací struktury přizpůsobené speciálně pro sladkou vodu a vyvinuli reprodukční a krmné chování, které jim umožňuje úspěšně přežít ve svém prostředí.