V kostarických deštných pralesech a mořském prostředí vzkvétal život (na Costa se nachází jeden z 20 všech druhů rostlin a živočichů Rica), ale existuje zde také více než 100 druhů ohrožených druhů v rámci Mezinárodní unie pro ochranu přírody a přírodních zdrojů seznam. Odlesňování, přeměna stanovišť a znečištění jsou viníky útlumu mnoha druhů.
Savci
Kostarika má jednu z nejbohatších populací netopýrů na světě a skládá se z poloviny populace savců. Druhy netopýrů na seznamu sahají od velkého dravého spektrálního netopýra po honduraského bílého netopýra, jen asi 37 až 47 mm na délku, i když oba jsou nízko rizikové. Kočkovité šelmy, jako je malá skvrnitá kočka, kostarický puma a středoamerický jaguár, byly pronásledovány z jejich stanoviště a tamarín bavlníkový, zakrytý kiks a primáti Geoffroyova pavoučího opice byly značně sníženy. Mezi další ohrožené savce patří mravenečník obrovský, jelen Sambar a Bairdův tapír.
Ptactvo
Kostarika je domovem 894 druhů ptáků, více než v USA a Kanadě dohromady. Z toho více než 600 obyvatel má trvalé bydliště, včetně ohroženého deštníku s holým hrdlem, černého guanu a modro-zlatého tanageru, ale ptáci jako cerulean pěnice a elegantní rybák jsou stěhovaví. Pěnkava na ostrově Kokos leží na ostrově Kokos 360 km od pobřeží Kostariky. Je to jediný z Darwinových pěnkav, který není zcela endemický pro Galapágy. Mezi další ohrožené ptáky patří známé druhy, jako je orel (černý osamělý orel), papoušek (velký zelený papoušek), kolibřík (kolibřík mangrovový) a papoušek (papoušek červený).
Plazi a obojživelníci
Leguán ostnatý ocasem s pěti kýly a bahenní želva s úzkými můstky jsou některé z ohrožených plazů, ale existuje mnohem více ohrožené obojživelníky, z nichž většina jsou žáby nebo mloci, které jsou v deštném pralese obvykle zastoupeny velkou rozmanitostí prostředí. Lemurová listová žába a Starrettova rosnička jsou uvedeny jako kriticky ohrožené. Stejně tak jsou mlok skvrnitý El Empalme a dva druhy ropuch: ropucha pico blanco a ropucha skvrnitá. Zlatá ropucha Monte Verde nebyla vidět od roku 1989 a je považována za vyhynulou.
Ryba
Většina kostarických ryb na seznamu ohrožených druhů je buď téměř ohrožena, nebo zranitelná. Patří mezi ně olivový okoun, tichomořský mořský koník a korunní žralok. Na seznamu je také řada paprsků, například elektrický paprsek terče v Pacifiku a paprsek kravský v Atlantiku.
Bezobratlí
Existuje řada ohrožených stínových dam, hmyzu, které vypadají podobně jako vážky. Patří mezi ně druhy s černým hřbetem, podlouhlé druhy, chiriquita, kakao a reventazon. Mnoho z dalších ohrožených druhů hmyzu jsou knobtailované vážky, jako je limon, humped, catago, sopka, alajuela a rohatý druh. Do seznamu IUCN se dostaly také dva druhy sladkovodních krabů a několik mořských korálů.
Rostliny
V Kostarice je známo více než 9 000 druhů rostlin. Mezi ohrožené rostliny patří členové rodiny luštěnin, jako jsou abarema a lancepod, z nichž poslední odvozuje svůj název podle plodů podobných kopím. Existuje také 24 druhů kvetoucích rostlin eugenia, devět druhů aromatických rostlin quararibea a dva druhy rodu virola, který je úzce spjat s muškátovým oříškem a má žluté květy s ostrým štětcem zápach. Mezi další významně ohrožené rody patří korálovka, kryosofila palmy vejčitá a cedrela listnatého stromu vždyzelená nebo suchá. Kostarický jatropha, strom manilkara a strom gavilán blanco jsou konkrétně ohrožené druhy rostlin.