Houby hrají důležitou roli v energetickém cyklování uvnitř ekosystémů a mezi nimi. Houby se vyskytují v suchozemských, mořských a sladkovodních prostředích a jsou součástí rozmanitého společenství „rozkladačů“, které rozkládají mrtvé rostliny a zvířata. Kromě hub tato komunita zahrnuje bakterie, drobné bezobratlé, jako jsou hlístice, a větší bezobratlí, jako jsou hlemýždi, brouci a žížaly. Houby přeměňují organickou hmotu na formy, které mohou využívat další rozkladače, a na potravu pro rostliny.
Rozklad
Houby žijí všude, kde je přítomna vlhkost. Mohou být nalezeny jako jednobuněčné organismy, jako jsou kvasinky, které jsou neviditelné pouhým okem, a jako mnohobuněčné organismy, jako jsou houby, které jsou skládá se z řetězců buněk zvaných „hyfy“. Houby jsou tak rozšířené a četné, že tvoří velkou část biomasy v jakémkoli daném případě ekosystém. Houby hrají v procesu rozkladu velmi důležitou roli, protože mohou rozkládat tvrdé organické materiály, jako je celulóza a lignin, které bezobratlí těžko tráví. Houby uvolňují trávicí enzymy, které se používají k metabolizaci komplexních organických sloučenin na rozpustné živiny, jako jsou jednoduché cukry, dusičnany a fosfáty. Na rozdíl od zvířat, která tráví potravu v jejich tělech, houby tráví potravu mimo jejich „těla“ a poté vstřebávají živiny do svých buněk.
Cyklus živin
Rostliny pro svůj růst potřebují živiny, ale živiny jsou zřídka volně dostupné v půdě nebo ve vodě, protože jsou uzavřeny v nerozpustných sloučeninách. Rostliny se proto spoléhají na rozkladače, které jim dodávají rozpustné živiny, které mohou být přijímány kořeny. Například dusík, jedna z nejdůležitějších živin rostlin, je vázán na bílkoviny, které rostliny snadno nepřijímají - i když se ukázalo, že některé rostliny tak činí. Houby metabolizují bílkoviny a uvolňují anorganické formy dusíku, jako je dusičnan, které mohou kořeny rostlin snadno přijímat. Ve sladkovodním prostředí jsou houby nápomocny při přenosu energie z lužního lesa do vodních ekosystémů tím, že rozkládají dřevo a odpadky, které spadají do vody. V suchozemských systémech přenášejí houby energii z nad zemí, pod ni, kde se recykluje zpět do rostlin.
Symbióza
Některé druhy hub vytvářejí symbiotické vztahy s rostlinami. Mykorhizní houby jsou spojeny s kořeny rostlin. Tento vztah je oboustranně výhodný, protože houby usnadňují přenos živin z půdy do kořenů rostlin a zase přijímají uhlík z rostliny. Uhlík je v půdě uložen houbami, a proto se neuvolňuje jako oxid uhličitý. Kdysi se myslelo, že rostliny jsou jediným zdrojem uhlíku pro mykorhizní houby. Článek publikovaný v čísle „Funkční ekologie“ z května 2008 však ukazuje, že mykorhizní houby ano aktivně rozkládají organický uhlík, a proto hrají ve ztrátě a přívodu uhlíku z půdy větší roli než dříve myslel. Lišejníky jsou dalším typem hub, které vytvářejí symbiotický vztah, ale dělají to s cyanobakteriemi. Lišejníky poskytují útočiště bakteriím, které zase vytvářejí energii a uhlík pro lišejníky pomocí fotosyntézy.
Zdroj potravy
Existuje mnoho zvířat, která se spoléhají částečně nebo zcela na houby jako zdroj potravy. Bylinožraví savci bývají oportunistickými podavači hub, jedí houby, pokud na ně při procházení lesem narazí. U některých zvířat však houby tvoří velkou část jejich stravy. Příkladem je karibu, který se v zimě, kdy listová jídla nejsou, silně spoléhá na lišejníky a australský savec, jehož strava se skládá téměř výhradně z plodů hub těla. Mnoho bezobratlých také jedí houby, a to jak oportunisticky, tak aktivně. Stream bezobratlí dostávají extra energii, když jedí rozpadající se listy, na kterých rostou houby. Banánové slimáky se běžně pozorují při krmení houbami a jinými houbami, které podle všeho upřednostňují před jinými potravinami.