Микроскопът се използва в различни научни области за много различни цели. Независимо дали става въпрос за криминалистика или традиционна медицинска наука, микроскопът е незаменим инструмент.
Анализ на тъканите
Обикновено хистолозите изследват клетки и тъкани с помощта на микроскопа. Например, ако част от тъкан се вземе за анализ, хистолозите могат да използват микроскоп в комбинация с други инструменти, за да определят дали пробата е ракова.
Разглеждане на съдебни доказателства
Доказателствата, събрани на местопрестъплението, могат да съдържат информация, която не се вижда с просто око. Например, ивиците в куршумите могат да бъдат изследвани под микроскоп, за да се види дали те съвпадат с куршуми, изстреляни от определен пистолет.
Определяне на здравето на една екосистема
Обичайно е полевите биолози да наблюдават здравето на определена екосистема, като поток, чрез използване на микроскопи за идентифициране на броя и разнообразието на организмите в определен регион над време.
Изучаване ролята на протеина в клетката
Учените намират, че микроскопите са безценен инструмент, когато изучават функцията на протеините в клетките. С днешната технология много протеини могат да бъдат етикетирани с етикет и изследвани в живи клетки.
Изучаване на атомни структури
Мощни микроскопи като микроскопи с атомна сила са помогнали на учените при изучаването на повърхностите на отделни атоми.