Неутрофилните и ацидофилните хетеротрофни бактерии съставляват по-голямата част от видовете бактерии. Термините "неутрофилен" и "ацидофилен" се отнасят до оптималното ниво на рН на бактериалните видове - мярка за киселинността или основността на веществото. Например оцетът измерва като киселина, а содата за хляб като основа. Скалата на рН варира от 0 до 14, със 7, рН на чиста вода, точно в средата.
Неутрофилни хетеротрофи
По-голямата част от бактериите, неутрофилите, живеят в почвата или водата и растат най-добре при неутрално рН между 6 и 8. Ако рН варира твърде далеч извън този диапазон, неутрофилните бактерии не могат да оцелеят. Повечето бактерии, които причиняват болести при хората, също са неутрофилни хетеротрофи, подходящи за оцеляване в човешкото тяло.
Ацидофилни хетеротрофи
Ацидофилните бактерии растат по-добре при по-ниски нива на рН, обикновено при рН 6, тъй като имат биологични механизми, които им позволяват да поддържат вътрешното си рН почти неутрално. Дренажът на киселинните мини - замърсеният, силно киселинен отток от минните райони - съдържа голяма популация от ацидофили, които окисляват сулфида, намиращ се в металните руди. Според Научно-образователния ресурсен център в колеж Карлтън, ацидофилната фероплазма, открита в дренаж на киселинни мини, показва нива на рН до нула.
Задължително ацидофилни хетеротрофи
Задължителните ацидофили изискват ниско рН, под 4 или 5, за да оцелеят. Клетъчната мембрана на облигатни ацидофили всъщност се разтваря при неутрални нива на pH, причинявайки клетъчна смърт. Много задължителни ацидофили също са термофили - организми, които растат най-добре при високи температури - и често се срещат във вулканични почви. Thiobacillus ferrooxidans вероятно се нарежда като най-често изследваната желязоокислителна ацидофилна бактерия.