Биолозите често изобразяват връзките между видовете под формата на разклоняващо се дърво, където всеки възел в дървото показва момент във времето, когато в процеса на се появи нов вид еволюция. Да се разбере как видовете са свързани помежду си и кой е еволюирал от кого може да бъде сложна задача. Един от най-важните принципи, които биолозите използват при изчертаването на тези така наречени филогенетични дървета, е принципът на съхраняване.
Принципът на съобразителност твърди, че най-простото от конкуриращите се обяснения е най-вероятно да бъде правилно. Разработена от логика от 14-ти век Уилям от Окам, теорията е известна още като бръсначът на Окам.
Биолозите използват принципа на отбраната при рисуването на филогенетични дървета. За да нарисувате филогенетично дърво, първо трябва да определите кои видове в групата са най-тясно свързани помежду си. Биолозите обикновено сравняват ДНК или физическите характеристики на видовете в групата и търсят разлики. Принципът на спестяване, приложен към биологията, казва, че филогенетичното дърво, което изисква най-малко еволюционни промени, е това, което трябва да приемете за правилно.
Най-простият пример включва физическа характеристика като пера. Да предположим, че сравнявате три вида, наречени A, B и C; А и Б имат пера, а В няма. Въз основа на принципа на отбраната, бихте заключили, че двата вида с пера са по-тясно свързани (т.е. споделете по-скорошен общ предшественик), тъй като в този случай чертата на перата би трябвало само да се е развила веднъж. Алтернативата би предполагала, че общ прародител е дал началото на А и друг вид, който сега е станал общ прародител на С и Б. В този случай чертата на перата би трябвало да се е развила два пъти; принципът на съобразителност би твърдял, че това не е правилната история.
За да създадат най-вредните филогенетични дървета, биолозите обикновено вземат предвид множество характеристики и ДНК последователности от множество гени. Ако участват само няколко вида, можете да направите този анализ на око; но тъй като броят на видовете расте, нараства и броят на възможните еволюционни дървета, които биха могли да ги свържат всички. Определянето на правилното дърво въз основа на отбраната бързо може да се превърне в много сложен проблем. В днешно време биолозите често използват компютърни алгоритми, които бързо сортират голям брой възможни дървета и присвояват на всеки резултат оценка въз основа на това колко еволюционни промени биха били необходими.
Принципът на съкровището е предположение, което вероятно е вярно за повечето ситуации, но не винаги трябва да е вярно. Възможно е действителната еволюционна история на група видове да не е тази, която е включвала най-малко промени - тъй като еволюцията не винаги е скромен. Друг подход за определяне на връзките е така нареченият анализ на максималната вероятност, който използва статистически анализ, за да определи кое еволюционно дърво е най-вероятно или най-вероятно. Както съобразителността, така и максималната вероятност имат свои защитници и критици.