Клонирането е горещ етичен проблем в научната общност, но бактериите се клонират през цялото време. В процес, наречен бинарно делене, една бактерия удвоява размера и генетичния си материал, след което се разделя, за да произведе две еднакви клетки.
В сравнение с еукариотно клетъчно делене или митоза, бинарното делене е относително прост процес. Първо, бактерията копира своята ДНК - генетичен материал, който при бактериите е кръгов. ДНК дава цялата информация, необходима за създаването на идентична клетка. След това ДНК се отделя в противоположните краища на клетката, а протеините, необходими за клетъчното делене, се събират в центъра на клетката. Обикновено бактерията удвоява вътреклетъчната си течност, наречена цитоплазма. Протеините разцепват клетката на две и при повечето бактерии е изградена нова клетъчна стена, която да завърши разделянето.
Предимството на бинарното делене от гледна точка на бактериите е, че е бързо и просто. От гледна точка на контрола и профилактиката на заболяванията, бинарното делене е изгодно, тъй като опростява производството на лекарства. Обикновено е необходимо само едно лекарство за лечение на бактериална инфекция, тъй като всички бактерии са идентични и ще реагират по същия начин. За съжаление обаче някои бактерии развиват лекарствена резистентност чрез мутация, което прави инфекциите много по-трудни за лечение.