Трансмисионният електронен микроскоп (TEM) и сканиращият електронен микроскоп (SEM) са микроскопични методи за разглеждане на изключително малки образци. TEM и SEM могат да се сравняват в методите за подготовка на образци и приложенията на всяка технология.
И двата вида електронни микроскопи бомбардират образеца с електрони. TEM е подходящ за изследване на вътрешността на обектите. Оцветяването осигурява контраст, а изрязването осигурява ултра тънки образци за изследване. ТЕМ е подходящ за изследване на вируси, клетки и тъкани.
Образците, изследвани от SEM, изискват проводимо покритие като злато-паладий, въглерод или платина, за да се съберат излишните електрони, които биха закрили изображението. SEM е много подходящ за оглед на повърхността на обекти като макромолекулни агрегати и тъкани.
Електронният пистолет произвежда поток от електрони, които са фокусирани от кондензаторна леща. Кондензираният лъч и предаваните електрони се фокусират от обективна леща в изображение на фосфорен екран. По-тъмните области на изображението показват, че са предадени по-малко електрони и че тези области са по-дебели.
Както при ТЕМ, електронният лъч се произвежда и кондензира от леща. Това е обектив за курс на SEM. Втора леща оформя електроните в плътен, тънък лъч. Комплект намотки сканира лъча по подобен начин на телевизията. Трета леща насочва лъча в желаната част на образеца. Лъчът може да обитава определена точка. Лъчът може да сканира целия образец 30 пъти в секунда.