Сладководните и морските среди отбелязват първичен пробив във водните екосистеми; морската среда съдържа високо ниво на соленост (концентрация на сол), докато сладководните райони обикновено съдържат по-малко от 1%. Сладководните екосистеми включват езера и езера, както и реки и потоци. Морските екосистеми включват океани и коралови рифове.
Езера и езера
Езерата и езерата са относително неподвижни водни тела с малко или никакво течение, обикновено изолирани от други водни обекти като реки и океани. Те са разделени на три отделни зони: литорална, лимнетична и фундаментална. Прибрежната зона представлява това, което е най-близо до брега. С голямо излагане на слънчева светлина и плитки води, това обикновено е най-разнообразната в биологично отношение област в дадено езеро или езерце, настанява няколко вида земноводни, водни птици, ракообразни, насекоми, риби и водорасли, както и плаващи и вкоренени растения. Лимнетичната зона обхваща площта на езеро / езерце, което е по-далеч от брега, но най-близо до повърхността на водата. Тази зона е по-малко разнообразна от крайбрежната зона, но повече от дълбоката зона поради високото си ниво на излагане на слънце. Профундалната зона обхваща най-дълбоката зона на езерце или езеро. Профундалният живот е почти изключително доминиран от разлагащи се бактерии и планктон.
Реки и потоци
Реките и потоците са движещи се водни тела, които текат от източник, като извор или топене ледник, до устие, което може да бъде в океан, по-голям поток или река или друг вид резервоар. Тъй като водата пътува от източника до устието, средата на екосистемата се променя драстично. Източникът на поток или река има най-високо ниво на чистота и съдържание на кислород. По целия си път бързащата вода събира отломки в своето течение; докато водата достигне устието, тя става мътна. В резултат на това малко слънчева светлина прониква на повърхността и животът на растенията е оскъден. Рибни видове като сом процъфтяват в тези райони, способни да оцелеят в условия на ниско съдържание на кислород.
Океани
Океаните са едни от най-разнообразните и географски обширни екосистеми на земята. Океанските екосистеми са разделени на четири зони: приливна, пелагична, дънна и бездна. Приливната зона включва регионите, където океанските води се срещат със сушата. Тази зона е много динамична поради постоянното действие на приливите и отливите. Като общо правило видовото разнообразие е по-голямо в приливните зони, които най-често са потопени от вода. Подобно на лимнетичната зона в езерата, пелагичната зона обхваща открития океан далеч от брега, но все по-близо до повърхността на водата. Различни риби, водни растения и по-големи бозайници обитават този регион. Бентосните и бездната зони включват съответно втория по дълбочина и най-дълбокия регион на океана. Поради екстремния натиск, тъмнината и студените температури, тези зони приютяват много различни форми на живот. За да оцелеят при пълна липса на слънчева светлина, растенията и бактериите в абисалната зона събират химическа енергия от топлинни отвори под повърхността на океанското дъно.
Коралови рифове
Екосистемите на кораловите рифове са разположени в океана; но поради техния физически и биологичен състав те са много различни от другите морски екосистеми. Кораловите рифове се образуват в плитки води с топли температури. Много от тези екосистеми са се образували по бреговете на континентите. Въпреки че може да изглежда като огромна скала, кораловият риф всъщност се състои от живи животински колонии, които се фиксират в твърда, калциева карбонатна обвивка. Тези колонии имат симбиотична връзка със зооксантели, вид водорасли, които едновременно живеят вътре и осигуряват храна за коралите. Въпреки че обхващат сравнително малка площ, кораловите рифове са едни от най-разнообразните биологични екосистеми на земята. Голямо разнообразие от гъби, ракообразни, морски анемонии, риби, водорасли, водни растения и насекоми живеят изключително в екосистемите на кораловите рифове.