Филипините са страна, богата на биологично разнообразие и ендемизъм, с много природни ресурси, които допринасят за икономиката и местните общности. Неговите брегови линии и крайбрежни местообитания са от особено значение, като рибарството, селското стопанство и промишлеността зависят от водните пътища и морската среда на страната. Заплахите за местообитанията и загубата на биологично разнообразие идват от различни практики, включително почистване на земи, неустойчив риболов и замърсяване.
Загуба на горска покривка
Между 2000 и 2005 г. Филипините губят малко над два процента от горската си покрив годишно. Това беше вторият най-висок процент в Югоизточна Азия. Към 2005 г. се смяташе, че остават само три процента от първичните гори. Бързото обезлесяване води до различни заплахи за екосистемата, включително загуба на биологично разнообразие, ерозия на почвата, наводнения, свлачища и намалено качество на водата. Горите са застрашени от търговски добив и дърводобив.
Деградация на кораловите рифове
Филипините са глобален център за морско биологично разнообразие на бреговата линия. Незаконното събиране и износ на корали и живи рифови риби е довело до значителни вредни ефекти върху биологичното разнообразие, състоянието на кораловите рифове, морската тревна покривка и броя на рибите. Само 5% от рифовете задържат над 75% жива коралова покривка. Деструктивните риболовни практики включват прекомерен риболов, риболов с трал, динамит и цианид, където цианидът се разтваря във вода и се пръска в рифове, докато други заплахи идват от замърсяване и ерозия.
Заплахи за мангровите гори
Заплахите за мангровите гори включват прекомерно събиране на реколтата, замърсяване и обезвреждане на земята за селското стопанство и заселването на хората. Отглеждането на скариди води до почти необратими и икономически скъпи щети на района, което е още по-обезпокоително, тъй като фермите за скариди стават нерентабилни само след три до пет години. Унищожаването на мангровите дървета също е свързано с деградацията на кораловите рифове, тъй като рифовете предпазват мангровите гори от силни вълни и течения, които отмиват фината утайка, върху която растат мангровите гори.
Загуба на биологично разнообразие
Филипините се считат за мегабиоразнообразна държава. Има много уникална флора и фауна; всъщност почти половината от сухоземните му гръбначни животни и до 60 процента от съдовите му растения са уникални за страната. Степента на загуба на биологично разнообразие е отразена в някои шокиращи констатации. Към 2006 г. малко над 20 процента от гръбначните видове са оценени като застрашени от Международния съюз за опазване на природата. Около 127 вида птици се считат за застрашени и местното филипинско какаду, някога широко разпространено, сега е критично застрашено.
