Замърсяването на почвата има много причини. Замърсителите могат да бъдат директно въведени. Почвата може да бъде замърсена от замърсяване на въздуха, когато валежите отлагат киселинни съединения като серен диоксид и азотен оксид. Човешки дейности като добив могат да освободят киселинен дренаж, който може да има широко разпространени ефекти. Каквато и да е причината, замърсяването на почвата има отрицателно въздействие върху растенията и флората, както и върху зависимите от тях организми.
Микроорганизми
Киселите почви, създадени чрез отлагане на киселинни съединения като серен диоксид, създават кисела среда, която не е такава понася се от микроорганизми, които подобряват структурата на почвата чрез разграждане на органичен материал и подпомагане във вода поток.
Фотосинтеза
Почвите, замърсени с киселинен дъжд, оказват влияние върху растенията, като нарушават почвената химия и намаляват способността на растенията да поемат хранителни вещества и да се подлагат на фотосинтеза.
Алуминий
Докато алуминият се среща естествено в околната среда, замърсяването на почвата може да мобилизира неорганични форми, които са силно токсични за растенията и потенциално могат да се извлекат в подпочвените води, усложнявайки техните ефекти.
Цъфтеж на водорасли
Замърсените почви с високи нива на азот и фосфор могат да проникнат във водните пътища, причинявайки цъфтеж на водорасли, което води до смъртта на водните растения поради изчерпания разтворен кислород.
рН
Киселинното отлагане в почвата може да попречи на способността му да буферира промените в рН на почвата, което води до отмиране на растенията поради негостоприемни условия.