Камбоджа има третата най-висока степен на обезлесяване в света, мотивирана от добива на дървен материал, както и отрязани селскостопански дейности. Обезлесяването унищожава местообитанията и нарушава баланса на деликатните тропически почви. Без дървета, които държат почвата на място и не попълват органичните вещества с постеля с листа, почвата бързо се ерозира и губи голяма част от плодородието си през първите няколко години на отглеждане.
Крайбрежните екосистеми на Камбоджа, много от които са мангрови гори, които осигуряват важни места за хвърляне на хайвер за риба и защита от наводнения, са застрашени от няколко фактора. Крайбрежните екосистеми се задушават от утайки, измити от наскоро обезлесени райони във вътрешността. Тези води също носят опасни пестициди и торове. Лошо регулираните ферми за скариди карат мангровите гори да бъдат изчистени и да отделят излишни хранителни вещества във водата, което води до свръхрастеж на водорасли и нарушаване на екосистемата.
Тъй като Камбоджа се индустриализира, хората се стичат в градските райони, които растат твърде бързо, за да може санитарната инфраструктура да се справи. Много райони нямат канализационни системи или в най-добрия случай са нефункционални. Канализацията и промишлените отпадъчни води замърсяват подпочвените и повърхностните води в много градски райони. Опасните твърди отпадъци често намират начин да отворят депа, където могат да се извлекат в подпочвените води или да бъдат издухани от вятъра.