Центрофугата е апарат, състоящ се от отделение, което се върти по централна ос. Въртящото се движение кара материалите да се отделят въз основа на различната им гравитация. Роторът на центрофугата е въртящата се единица на центрофугата, която има фиксирани отвори, пробити под ъгъл. Вътре в тези отвори се поставят епруветки и роторът се върти, за да подпомогне отделянето на материалите. Има три вида центрофужни ротори: люлееща се кофа, фиксиран ъгъл и вертикални ротори.
Ротор с люлееща се кофа обикновено поддържа проби с обем от 36 ml до 2,2 ml. Кофите за люлеене могат да поддържат два вида разделяне: скоростно-зонално и изопично. Люлеещите се кофи са предпочитани за разделяне на зоната на скоростта, тъй като разстоянието между външната страна на менискуса и външната страна на дъното на тръбата е достатъчно дълго, за да настъпи отделяне.
Роторите с фиксиран ъгъл обикновено се използват за гранулиране на частици от пелети от суспензия и отстраняване на излишните отпадъци или за събиране на пелетите. Роторните кухини варират от 0,2 ml до 1 ml. Най-важният аспект при вземането на решение за използване на ротор с фиксиран ъгъл е коефициентът К. К коефициентът показва колко ефективно роторът може да пелетира на максимална скорост. Колкото по-нисък е коефициентът К, толкова по-висока е ефективността на гранулиране.
Вертикалните ротори са силно специализирани. Те обикновено се използват за свързване на ДНК в цезиев хлорид. Вертикалните ротори имат много ниски коефициенти на К, което е полезно, ако частицата трябва да се движи само на кратко разстояние, докато се утаи. Времето на работа на вертикалните ротори е кратко.