تم تصنيف الأنواع الرئيسية من البكتيريا تقليديا من خلال السمات الفيزيائية أو ردود الفعل على أنواع مختلفة من التلوين. سمح ظهور علم الوراثة الجزيئي بتقسيم أكثر حرصًا لمجموعات مختلفة من البكتيريا. يعتقد العديد من العلماء أن التصنيف القديم للبكتيريا يجب تقسيمه إلى مملكتين أو أكثر.
أعلى تصنيف للكائنات الحية هو الممالك. تم تصنيف البكتيريا في مملكة واحدة تُعرف باسم Protista ، لكن العديد من العلماء يجادلون بأنه يجب تقسيم المملكة القديمة إلى مملكتين بناءً على الأدلة الجينية الجزيئية. ستكون الممالك الجديدة عبارة عن بكتيريا حقيقية وبكتيريا Eubacteria والبكتيريا القديمة ، Archaebacteria ، التي تعيش اليوم في البيئات القاسية. يقترح البعض تقسيمًا جديدًا للتطور يُعرف بالمجالات أو الملكيات الفائقة ، لأن البكتيريا القديمة موجودة متميزون جدًا ، يمكن تقسيمهم إلى ثلاث ممالك خاصة بهم: Crenarchaeota ، المحبة للحرارة بكتيريا؛ Euryarchaeota والبكتيريا الملحية والميثانية ؛ و Korarchaeota ، الموجودة في الينابيع الساخنة.
بالنسبة للبكتيريا بخلاف البكتيريا العتيقة ، هناك خمسة شُعب مميزة ، الفرع التالي يصل إلى شجرة النشوء والتطور. البكتيريا المتقنة تكافلية مع النباتات وتساعدها على إصلاح النيتروجين من الغلاف الجوي. تُعرف البكتيريا الزرقاء بالبكتيريا الزرقاء والخضراء. البكتيريا Eubacteria هي بكتيريا إيجابية الجرام مصنفة تقليديًا ولها جدران خلوية لها طبقات مختلفة عن البكتيريا الأخرى. تنمو اللولبيات في مستعمرات حلزونية. الكلاميديا هي طفيليات داخل الخلايا.
يمكن وصف البكتيريا بأنها مسببة للأمراض (مسببة للمرض) أو غير مسببة للأمراض. يمكن أيضًا وصفها بأنها موجبة الجرام أو سلبية الجرام. يشير هذا إلى ما إذا كانت تمتص الصبغة عن طريق تلطيخ الجرام أم لا. تفتقر البكتيريا موجبة الجرام إلى غشاء الخلية الخارجي ، وتسمح الببتيدوغليكان بتلطيخها باللون البنفسجي الكريستالي. البكتيريا سالبة الجرام لها غشاء خلوي خارجي ولكنها تفتقر إلى الببتيدوغليكان ، مما يمنع تلطيخها.