تمتلك كمبوديا ثالث أعلى معدل لإزالة الغابات في العالم ، مدفوعًا بحصاد الأخشاب بالإضافة إلى القطع الواضح للزراعة. إن إزالة الغابات تدمر الموائل وتعطل توازن التربة الاستوائية الحساسة. بدون الأشجار التي تثبت التربة في مكانها وتجدد المواد العضوية بقمامة الأوراق ، تتآكل التربة بسرعة وتفقد الكثير من خصوبتها في السنوات القليلة الأولى من الزراعة.
تتعرض النظم الإيكولوجية الساحلية في كمبوديا ، وكثير منها عبارة عن غابات المنغروف التي توفر مناطق تكاثر مهمة للأسماك والحماية من الفيضانات ، للتهديد بعدة عوامل. تتعرض النظم البيئية الساحلية للاختناق بفعل الرواسب المنجرفة من المناطق التي أزيلت منها الغابات مؤخرًا. تحمل هذه المياه أيضًا مبيدات حشرية وأسمدة خطرة. تتسبب مزارع الجمبري سيئة التنظيم في إزالة أشجار المانغروف وإطلاق المغذيات الزائدة في الماء ، مما يؤدي إلى زيادة نمو الطحالب وتعطيل النظام البيئي.
مع تطور الصناعة في كمبوديا ، يتدفق الناس على المناطق الحضرية ، التي تنمو بسرعة كبيرة بحيث لا تستطيع البنية التحتية للصرف الصحي مواكبة ذلك. العديد من المناطق لا تحتوي على أنظمة صرف صحي ، أو أنها معطلة في أحسن الأحوال. تلوث مياه الصرف الصحي والنفايات الصناعية السائلة المياه الجوفية والمياه السطحية في العديد من المناطق الحضرية. غالبًا ما تجد النفايات الصلبة الخطرة طريقها لفتح مدافن القمامة حيث يمكن أن تتسرب إلى المياه الجوفية أو تنفجر بفعل الرياح.
