При гель-електрофорезі зразки ДНК або білків відокремлюються - як правило, залежно від розміру - шляхом застосування електричного поля, яке змушує їх мігрувати через гель. Застосування гелевого електрофорету є звичним явищем у лабораторіях біомедичних досліджень і використовується для відповіді на безліч різних питань, тому насправді не існує універсального способу аналізу результатів.
Наприклад, різні методи, такі як Вестерн-блотинг, Північний блот і Південний блот гель-електрофорез.
Якщо ви робите агарозний гель електрофорез зразків ДНК, найпоширеніший вид процедури, зазвичай вам потрібно зробити щонайменше дві речі: 1) розрізнити необрізані плазміди із вставок, зрізані плазміди та вирізані плазміди та, 2) оцінюють розмір різних фрагментів ДНК за допомогою стандартної кривої Excel або калькулятор.
Перевірте свій лабораторний блокнот, щоб визначити, які зразки були завантажені в які смуги. Коли ви завантажували лунки для вашого гелю, ви повинні були зазначити ідентичність кожної смуги / зразка.
За допомогою лінійки виміряйте відстань на вашому знімку від лунок до відстежувального барвника, який буде подорожували далі, ніж будь-яка з смуг ДНК (іншими словами, це буде внизу гель). Запишіть це число - одиниці, які ви використовуєте, не важливі.
Виміряйте відстань на вашому знімку від колодязя до кожної смуги в "драбині", а потім розділіть цю відстань на відстань, пройдену відстеження барвника гурт. Цей розрахунок дає вам відносну рухливість кожної смуги.
Приклад: Припустимо, що смужка барвника для відстеження подолала 6 дюймів, і ми маємо три смуги, які подолали 5, 4,5 та 3,5 дюйма.
Яка їх відносна рухливість? Відповідь: Ділимо 5, 4,5 і 3,5 на 6, щоб отримати відносні рухливості 0,833, 0,75 і 0,5833.
Виробник надає вам розмір кожного фрагмента сходів, які вони постачають, тому ви вже повинні мати цю інформацію.
Використовуйте функцію Trendline у вашій програмі електронних таблиць, щоб підібрати рівняння до даних. Це рівняння має бути рівнянням потужності (наприклад, x ^ -2) і має відповідати даним відносно добре (коефіцієнт R не менше 0,9). Це створює криву та стандартну криву Excel.
Пам’ятайте, що менші фрагменти ДНК рухаються гелем далі, ніж великі фрагменти ДНК, тому найближчі до відстежуваного барвника будуть найменшими. Однак зверніть увагу, що якщо плазміда (кругова) ДНК не розрізана, вона стане "перекрученою" або скрученою, як телефонний шнур, що фактично змусить її подорожувати далі ніж лінійна ДНК однакового розміру.
Подібним чином "обрізана" плазміда, яка була неповно розрізана, буде рухатися a коротший відстань, ніж лінійна ДНК однакового розміру. Отже, ви не можете оцінити розмір необрізаних плазмід з вашого гелю.
Зіставте смуги в кожній смузі з ідентифікацією вибірки, яку ви завантажили на цій смузі, і визначте, чи те, що ви бачите, є тим, що ви очікували. Це буде залежати від характеру вашого експерименту.
Загалом, однак, якщо ви засвоїли вставну плазміду двома рестрикційними ферментами, ви могли б очікувати, що вставка звільниться від плазміди.
Оскільки вона набагато менша, ніж плазміда, ви очікували б побачити дві смуги в цій смузі, одна біля верхньої, а інша вниз біля нижньої. Плазміда, вирізана лише одним рестрикційним ферментом, повинна утворювати лише одну смужку, яка рухається трохи далі, ніж плазміда, вирізана двома ферменти рестрикції, але далеко не так далеко, як вставка.
Виміряйте відстань від лунок до вирізаної плазміди та вставте стрічки лінійкою. Поділіть ці числа на відстань, яку пройшов відстежуючий барвник, щоб знайти відносну рухливість вставок і вирізаних плазмід.