Основні типи бактерій традиційно класифікували за фізичними ознаками або реакціями на різні типи фарбування. Поява молекулярної генетики дозволило більш ретельно розподілити різні групи бактерій. Багато вчених вважають, що стару класифікацію бактерій слід розділити на два і більше царства.
Найвища класифікація живих істот - це царства. Колись бактерії класифікували в одному королівстві, відомому як Протіста, але багато вчених стверджують, що старе царство слід розділити на два царства на основі молекулярно-генетичних доказів. Новими царствами будуть справжні бактерії, евбактерії та стародавні бактерії, архебактерії, які сьогодні виживають в екстремальних умовах. Деякі пропонують новий філогенетичний поділ, відомий як домени або надцарства, оскільки архебактерії є настільки різними, що їх можна розділити на три власні царства: Кренархеота, теплолюбна бактерії; Euryarchaeota, галофільні та метаногенні бактерії; і Korarchaeota, знайдені в гарячих джерелах.
Для інших бактерій, крім архебактерій, існує п’ять різних типів, наступна гілка філогенетичного дерева. Протеобактерії симбіотичні з рослинами і допомагають їм фіксувати азот з атмосфери. Ціанобактерії відомі як синьо-зелені бактерії. Евбактерії є традиційно класифікованими грампозитивними бактеріями і мають клітинні стінки, що мають різні шари, ніж інші бактерії. Спірохети ростуть спіралеподібними колоніями. Хламідії - це внутрішньоклітинні паразити.
Бактерії можна описати як патогенні (хвороботворні) або непатогенні. Вони також можуть бути описані як грампозитивні або грамнегативні. Це стосується того, поглинають вони барвник фарбуванням за Грамом. Грампозитивним бактеріям не вистачає зовнішньої клітинної мембрани, а пептидоглікани дозволяють їх фарбувати кришталево-фіолетовим кольором. Грамнегативні бактерії мають зовнішню клітинну мембрану, але не мають пептидогліканів, що перешкоджає їх фарбуванню.