Філогенетичне дерево - це графічне зображення еволюційних взаємозв’язків, яке демонструє, як організми могли відійти від спільного предка. Раніше це було зроблено шляхом порівняння анатомії та фізіології живих організмів та копалин, але зараз зазвичай використовується генетична інформація, взята з послідовностей нуклеотидів ДНК. Організми з невеликою кількістю подібностей можна знайти на окремих «гілках» філогенетичного дерева, а ті, що мають певні спільні риси, розташовуватимуться на «гілочках» тієї ж гілки. Філогенетичне дерево - це метод розуміння видів та еволюційних змін в організмах.
Виберіть модель організму для порівняння стосунків. Це можна зробити за допомогою видової, породної або нуклеотидної послідовності, що представляє організм. Прикладом організму може бути корова. Решта дерева продемонструвала б, наскільки тісно пов’язана корова з іншими організмами на основі генетичних ознак.
Виберіть аутгрупу. Аутгрупа - це менш тісний організм або значно інша послідовність нуклеотидів. Якщо модельним організмом є корова, то можливою групою може бути риба. Чим більше різних організмів, тим далі на філогенетичному дереві буде їхня розбіжна точка розгалуження. Час представлений найдавнішою датою внизу діаграми, а сьогоднішній день - у верхній частині діаграми. Розміщення гілок показує приблизно, коли в минулому еволюційна ознака, можливо, змінила організм предків на різні види.
Визначте набір характеристик, які слід використовувати для порівняння. Приклади включають "має чотири ноги", "жує жуйку", "народжує живо" або "відрощує волосся". Нуклеотидні послідовності справедливі алфавітні подання ДНК, що визначають характеристики, тому іншим варіантом буде: "містить послідовність ATGGACACGGA ".
Поділяють організми, виходячи з ознак. Коли один організм не містить бажаної ознаки, у філогенетичному дереві роблять гілку. Для характерного "має чотири ноги", корова, вівці та олені були б на одній гілці, тоді як риба була б на окремій гілці. Вставте малюнок або послідовність корови у верхній кут плаката, а риби - у протилежний кут, і проведіть від них дві лінії до основи паперу у формі V, що перетинається.
Продовжуйте розділяти модельні організми або послідовності нуклеотидів, поки кожен приклад не матиме єдиного відділення від гілки на гілочку. Характеристика “має шерсть” відокремлює овець від оленів та корів на особливу гілку. Помістіть зображення вівці біля зображення риби і проведіть лінію, яка з’єднується у формі V до гілки корови. Використання характеристики «має пухнастий хвіст» дозволить відмежувати корову від оленя. Вставте зображення оленя між коровою та вівцею і проведіть ще одну лінію у форму V, яка перетинається над рибними та овечими лініями. Коли у кожного виду є одна гілка, філогенетичне дерево завершено.