Іонообмін широко використовується для очищення води як в промислових, так і в комунальних системах водопідготовки. Процес забезпечує багато переваг перед іншими методами лікування. Це екологічно безпечно, може забезпечити високу витрату очищеної води та має низькі витрати на обслуговування. Поряд з цими перевагами існують певні недоліки, пов’язані з іонообміном, такі як забруднення сульфату кальцію, залізо забруднення, адсорбція органічних речовин, органічне забруднення смолою, бактеріальне забруднення та хлор забруднення.
Найпоширенішим регенератором (хімічним речовиною, що використовується для заряджання смоли), що використовується для катіонної смоли, є сірчана кислота. Деякі надзвичайно жорсткі води містять велику кількість кальцію, і коли цей кальцій вступає в реакцію з сірчаною кислотою, що відновлюється, він утворює сульфат кальцію як осад під час процесу регенерації. Цей осад може забруднити смоляні кульки та перекрити труби в посудині.
Живильна вода з підземних свердловин має розчинне залізо у вигляді іону заліза. Невеликі кількості цього заліза видаляються за допомогою іонообмінних пом’якшувачів, але якщо ця живильна вода контактує з повітрям перед обробкою, іони заліза перетворюються в іони заліза. Ці іони заліза осідають у вигляді гідроксиду заліза після реакції з водою. Ця сполука може засмічувати смоляні кульки і впливати на ефективність смоли. Це може навіть призвести до виходу з ладу пом'якшувача.
Живильна вода з озер та річок зазвичай містить велику кількість розчинених органічних речовин. Жовтий або коричневий колір цієї кормової води обумовлений загнилою рослинністю та іншими органічними речовинами, що містяться в ній. Ці органічні речовини можуть постійно адсорбуватися в смоляних кульках, що призводить до зниження ефективності смоли. Таким чином, якість очищеної води погіршується. Ці органічні забруднення можна видалити перед обробкою смолою, обробивши живильну воду галуном для осадження органічної речовини.
Сама іонообмінна смола іноді може стати джерелом органічного забруднення. Нова іонообмінна смола часто має органічні елементи, що залишаються в смоляних кульках після виготовлення. Таке забруднення смоли можна усунути, пропустивши очищену воду через установку для ультрафільтраційної очистки.
Іонообмінні смоли не виводять мікроорганізми, такі як бактерії, з живильної води, але іноді сприяють зростанню бактерій. Смоляні шари можуть накопичувати органічні речовини, які служать джерелом поживних речовин для подальшого росту бактерій. Коли після обробки потрібна стерильна вода, демінералізовану воду, що виробляється установкою для обробки іонообмінних процесів, слід обробляти теплом, ультрафіолетовим опроміненням або дуже тонкою фільтрацією. Іонообмінні смоли також можна обробляти дезінфікуючими засобами, такими як формальдегід, але не теплом або хлором, оскільки вони можуть пошкодити смолу.