Jel elektroforezi, laboratuvarlarda DNA ipliklerini ölçmek ve sıralamak için kullanılan bir yöntemdir. Çoğu mikroskop kullanılarak bakıldığında bile normal koşullar altında DNA manipüle edilemeyecek kadar küçük olduğu için gereklidir. Jel elektroforez laboratuvarı nispeten basit bir prosedür kullanır ve aynı temel teknik, tek tek proteinleri ayırmak için de kullanılabilir.
Jel Matrisi
Jel elektroforez prosedürüne başlamak için önce jeli oluşturmalısınız. Tipik olarak jeller, agaroz adı verilen bir madde kullanılarak ince tabakalar halinde yapılır. Toz haline getirilmiş agaroz bir şişeye konur, ardından tampon adı verilen tuzlu su çözeltisi gelir. Bu agaroz ve tampon karışımı, iki madde birlikte eriyene kadar ısıtılır, ardından bir şekillendirme kalıbına dökülür. Jel soğumadan önce kalıbın bir ucuna tarak adı verilen bir cihaz yerleştirilir. Jel soğutulduğunda, tarak çıkarılır ve DNA örneklerini tutmak için kullanılacak küçük yuvalar bırakılır.
Soğutulmuş agaroz karışımının (jel matrisi olarak adlandırılır) özel bir özelliği, tuzlu su ile oluşturulmuş olmasından kaynaklanmaktadır. Elektrik verildiğinde, matris iletken hale gelecek ve elektriğin uzunluğu boyunca akmasına izin verecektir. Jel matrisinin bir diğer özel özelliği, düzenli, mikroskobik deliklerin varlığıdır. Bu delikler, DNA iplikçiklerinin jel matrisinden geçmesine izin verecek ve ayırma işlemini kolaylaştıracaktır.
Elektroforez Odası
Bir sonraki adımınız bir elektroforez odası oluşturmaktır. Bu, her iki ucunda pozitif ve negatif elektrik bağlantısı bulunan küçük dikdörtgen bir kutudur. Odalar tipik olarak sığdır, bir masa üstüne sığacak kadar küçüktür ve Pleksiglas gibi şeffaf malzemelerden yapılmıştır.
Elektroforez odasının tabanına tuzlu su çözeltisi dökülür ve jel matrisi bu çözeltinin içine hafifçe daldırılır. Tuzlu su iki amaca hizmet eder: elektrik akışına yardımcı olmak ve jel matrisini nemli tutmak. DNA negatif bir yük tarafından hareket ettirildiğinden, matrisinizi yerleştirin, böylece numuneleriniz negatif elektrik bağlantınızın yanında yer alacak.
DNA'nın hazırlanması
Daha sonra DNA örnekleri hazırlanır. Çözeltideki DNA'yı görmek neredeyse imkansız olduğundan, her bir numuneye yükleme tamponu adı verilen bir renklendirici madde eklenir. Bu ajan ayrıca DNA solüsyonunu kalınlaştırarak daha az akıcı ve daha uygulanabilir hale getirir. Bir pipet kullanarak, jel matrisindeki her bir değişen yuvaya bir DNA çözeltisi örneği aktarın. Her numune arasındaki boş yuvaya, deney kontrolü ve karşılaştırma için uzunluğunu zaten bildiğiniz (DNA standardı olarak adlandırılan) bir DNA çözeltisi yerleştirin.
Gücü aç
Şimdi elektroforez odanızı açın. Negatif güç altında, DNA örnekleriniz odanın uzunluğu boyunca zorlanacak. Küçük DNA iplikleri jel matrisi boyunca daha hızlı hareket edecek ve kısa bir süre içinde kendilerini daha uzun, daha yavaş ipliklerden ayıracaklar. Renklendirici ajanın içindeki boya, DNA'nın izini takip etmenizi sağlar. DNA'nın tek tek ipliklerini göremeyeceksiniz, ancak aynı uzunluktaki iplikler bir araya toplanacak.
Son Adımlar
DNA ayrıştırıldığında, matris elektroforez odasından çıkarılır. DNA daha sonra daha kolay ölçüm ve incelemeye izin vermek için boyanır.
