Bakteriler, insanlara hem faydalı hem de zararlı olan küçük, tek hücreli organizmalardır. Bağırsaklarımızdaki yiyecekleri parçalamaya yardımcı olanlar gibi bazı bakteri türleri yaşamamıza yardımcı olur. Hıyarcıklı Veba'ya neden olan bakteriler gibi diğer formlar, tedavi edilmezse bir kişiyi öldürebilir. Birçok farklı bakteri türü vardır ve farklı yöntemlerle solunum yaparlar. Bakteriyel solunumun iki ana yöntemi aerobik solunum ve anaerobik solunumdur.
Aerobik olarak solunum yapan bakteri formları yaşamak için oksijene ihtiyaç duyar. Enerjiyi yakmaya yardımcı olmak ve yaşam için gerekli enerjiyi sağlamak için oksijeni yakıt olarak kullanırlar. Bu tür bakteriyel solunum, insanların kullandığı türle aynıdır, dolayısıyla "aerobik egzersiz" terimi. Bakterilerden aerobik solunumun ana yan ürünü karbondioksittir.
Birçok bakteri türü anaerobik olarak solunum yapar. Başka bir deyişle, oksijen olmadan solunum sürecinden geçebilirler. Yiyeceklerindeki enerjiyi yakmalarına yardımcı olmak için oksijen kullanmak yerine, bu tür bakteriler kimyasal reaksiyonlar oluşturmak ve ihtiyaç duydukları enerjiyi serbest bırakmak için doğal olarak oluşan diğer kimyasalları kullanırlar. Kullanılan yaygın doğal olarak bulunan kimyasallar arasında nitratlar, sülfatlar ve karbondioksit bulunur. Bakterilerde anaerobik solunum genellikle birçok yan ürün oluşturur. Bu yan ürünlerin birçoğu insanlar için toksik veya tehlikeli olabilir ve etanol ve hidrojen içerir.
