Jel elektroforezi DNA parmak izi ve genom dizilimi dahil olmak üzere birçok pratik uygulamaya sahip yaygın olarak kullanılan bir laboratuvar tekniğidir. Süreç ayırmayı içerir DNA Bir filtreleme jeli aracılığıyla moleküler hareket hızını takip ederken bir elektrik akımı kullanarak parçalar.
Renksiz DNA örneklerine mavi veya turuncu izleme boyası eklemek, örneğinizi görmenizi ve elektroforez sırasında DNA moleküllerinin nasıl hareket ettiği hakkında bilgi edinmenizi sağlar. Tanımlama, moleküllerin göçünden sonra jel üzerindeki DNA bantlarının boyutuna dayanır.
Jel Elektroforezi Nasıl Çalışır?
Jel elektroforezi DNA moleküllerini boyut ve elektrik yüküne göre izole etmek ve tanımlamak için bir elektrik akımı kullanarak DNA parçalarını bir jelden çeker. Jel genellikle ile yapılır agaroz tozu - ekstrakte edilen bir polisakkarit Deniz yosunu.
Agaroz, su ve tuzdan oluşan bir tampon çözeltisine eklenir ve karışım, elektroforez prosedürü sırasında bir filtreleme matrisi olarak işlev görecek gözenekli bir jel yapmak üzere ısıtılır ve soğutulur. Jel daha sonra bir elektroforez ünitesine yerleştirilir ve ileten tampon çözeltisi ile kaplanır.
elektrik.DNA ve yükleme boyaları içeren solüsyonlar, jel hazırlığı sırasında yapılması gereken jeldeki küçük kuyucuklara pipetlenir. boyalarsana yardım etmekörneği açıkça görün elektroforez ünitesinin negatif elektrotunun yakınında bulunan jel kuyularına eklediğiniz.
Karşı uçta pozitif bir elektrot bulunur. Bilinen bir DNA fragmanı standardı, karşılaştırma ve tanımlama amacıyla bir DNA bantları merdiveni oluşturacak olan ilk kuyuya yerleştirilir.
DNA moleküllerinin fosfat omurgası, DNA'ya negatif bir yük verir. Zıt kutuplar birbirini çeker, dolayısıyla DNA molekülleri pozitif elektrota çekilir ve bir elektrik akımı açıldığında hareket etmeye veya "göç etmeye" başlar.
Daha küçük boyutlu DNA parçaları, jelin gözenekli matrisinden geçerken daha az dirençle karşılaştıklarından daha büyük parçalardan daha hızlı hareket eder. Benzer büyüklükteki DNA parçaları, jelde DNA bantları oluşturur.
Boya Yükleme Amacı ve Önemi
DNA renksizdir, bu nedenle takip boyaları bir örnek size yardımcı olur hareket hızını belirlemek Elektroforez sırasında jelde farklı büyüklükteki protein moleküllerinin DNA örneği ile hareket eden yükleme boyalarının örnekleri şunları içerir: bromofenolmavi ve ksilen siyanol.
Seçilen boya reaktif olmamalı veya DNA'yı değiştirmemelidir. Bromofenol mavisi, yaklaşık 400 baz çifti içeren daha küçük boyutlu DNA zincirlerini izlemek için kullanılan bir boyadır, ksilen siyanol ise 8.000 baz çiftine kadar daha büyük DNA zincirleri için daha iyidir. Seçilen boya reaktif olmamalı veya DNA'yı değiştirmemelidir.
Agaroz Jel Elektroforezinde Gliserolün Rolü
DNA örneğinizi hazırlarken elektroforez, yükleme boyaları ile birlikte gliserol ve su eklemeniz gerekecektir. Gliserol, jel tabakasının bir ucundaki oyuklara yerleştirilmeden önce DNA örneğine daha fazla yoğunluk veren ağır, şurupsu bir maddedir.
Gliserol olmadan, DNA örneği, bir DNA merdiveni oluşturmak için yapması gerektiği gibi, kuyuda batmak ve bir tabaka oluşturmak yerine dağılacaktır.
SDS SAYFASINDA Boya Takibi
Sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi (SDS PAGE), lineer DNA moleküllerinden daha küçük ve daha karmaşık olan proteinleri ve amino asitleri ayırmak için uygun bir tekniktir. Elektroforez için agaroz jel yerine poliakrilamid (SDS PAGE jel) kullanılır.
Bromofenol mavisi (BPB), numune tamponuna bir izleme boyası proteinleri ayırmakla aynı yönde hareket eder ve ön kenarlarını sınırlar.
DNA Bağlayıcı Boyanın Rolü
DNA bağlayıcı boya gibi turuncu renkli etidyum bromür jele veya elektroforez tamponuna eklenebilir. Adından da anlaşılacağı gibi, boya DNA molekülüne yapışır.
Bu mutajenik boyayı kullanırken çok dikkatli olunmalıdır çünkü deri hücrelerinde DNA'ya bağlanabilir. İzleyici boyaların aksine, etidyum bromür floresan parlak bir şekilde altında UV ışığı, DNA bantlarını görünür hale getirir.