Başlıca bakteri türleri geleneksel olarak fiziksel özelliklere veya farklı boyama türlerine verilen tepkilere göre sınıflandırılırdı. Moleküler genetiğin ortaya çıkışı, farklı bakteri gruplarının daha dikkatli bir şekilde bölünmesine izin verdi. Birçok bilim adamı, eski bakteri sınıflandırmasının iki veya daha fazla krallığa bölünmesi gerektiğine inanıyor.
Canlıların en yüksek sınıflandırması krallıklardır. Bakteriler bir zamanlar Protista olarak bilinen bir krallıkta sınıflandırıldı, ancak birçok bilim adamı, eski krallığın moleküler genetik kanıtlara dayanarak iki krallığa bölünmesi gerektiğini savunuyor. Yeni krallıklar, bugün aşırı ortamlarda hayatta kalan gerçek bakteriler, Eubacteria ve antik bakteriler, Archaebacteria olacaktır. Bazıları, Arkebakteriler olduğu için, alanlar veya süper krallıklar olarak bilinen yeni bir filogenetik bölünme önerir. o kadar farklılar ki, kendilerine ait üç krallığa bölünebilirler: Crenarchaeota, termofilik bakteri; Euryarchaeota, halofilik ve metanojenik bakteriler; ve kaplıcalarda bulunan Korarchaeota.
Arkebakteriler dışındaki bakteriler için, filogenetik ağacın bir sonraki dalı olan beş ayrı filum vardır. Proteobakteriler bitkilerle simbiyotiktir ve atmosferden nitrojeni sabitlemelerine yardımcı olur. Siyanobakteriler mavi-yeşil bakteriler olarak bilinir. Öbakteriler, geleneksel olarak sınıflandırılan Gram pozitif bakterilerdir ve diğer bakterilerden farklı katmanlara sahip hücre duvarlarına sahiptir. Spiroketler spiral koloniler halinde büyürler. Chlamydiae hücre içi parazitlerdir.
Bakteriler patojenik (hastalığa neden olan) veya patojenik olmayan olarak tanımlanabilir. Ayrıca Gram pozitif veya Gram negatif olarak da tanımlanabilirler. Bu, bir boyayı Gram boyama ile absorbe edip etmediklerini ifade eder. Gram pozitif bakterilerin bir dış hücre zarı yoktur ve peptidoglikanlar, kristal menekşe ile lekelenmelerine izin verir. Gram-negatif bakterilerin bir dış hücre zarı vardır, ancak peptidoglikanları yoktur, bu da onların boyanmasını engeller.