Wisconsin Üniversitesi'nin BioWeb web sitesine göre, bir PCR primeri kısa, sentetik bir oligonükleotittir (genellikle 18 25 baz uzunluğunda) polimeraz zincir reaksiyonu olarak bilinen moleküler biyoloji tekniğinde DNA'nın belirli bölgelerini büyütmek için kullanılır. (PCR). İstenilen DNA bölgesini kuşatmak ve ona bağlanmak için DNA zincirinin ters tamamlayıcıları olacak şekilde tasarlanmış hem ileri hem de geri primer gereklidir. Bilim adamları, belirli bir gen veya DNA bölgesi üzerinde araştırma yapmak istediklerinde, çalışmak için hedef bölgeden yeterince elde etmek için önce PCR yapmaları gerekir. Daha önce yayınlanmış araştırmalar veya ticari yollarla halihazırda mevcut değilse, ilgilenilen bölge için primer dizilerinin tasarlanması gerekli olabilir.
İlgili genin veya DNA bölgesinin nükleotid dizisini edinin ve bir fragmanın ne kadar süreyle amplifiye etmek istediğinize karar verin. İleri ve geri primer, istenen parçanın başında ve sonunda bağlanacak şekilde tasarlanmıştır. Tipik olarak, geleneksel PCR yöntemleri, 100 ila 1.000 baz çifti uzunluğundaki bir bölgeyi çevreleyen primerleri kullanırken, gerçek zamanlı PCR yöntemleri, yaklaşık 50 ila 200 baz çifti uzunluğundaki fragmanları kullanır.
Primerlerin sıranın neresinde olmasını istediğinize karar verin. Örneğin, konumun dizinin 5' veya 3' ucuna yakın veya ortada olmasını isteyebilirsiniz. İstenirse, bir introna yayılacak primerlerin konumunu belirleyin.
Primerleri 18 ila 24 baz uzunluğunda tasarlayın. Vincent R. Prezioso, Ph.D., Brinkmann Instruments Inc., bu uzunluğun istenen DNA bölgesine son derece spesifik olacak kadar uzun, ancak kolayca bağlanacak (tavlama) için yeterince kısa olduğunu öne sürüyor. Primer erime sıcaklığı (Tm) 55 ila 80 santigrat derece arasında, 90 santigrat derece veya üzerinde tam erimeye izin verecek kadar düşük, ancak tavlamaya izin verecek kadar yüksek olmalıdır. GC içeriği (sıradaki Gs ve Cs yüzdesi) yüzde 40 ila 60 arasında olmalıdır. Primer dizisinin 3' ucu, bağlanmayı desteklemek için bir C veya G (GC kelepçesi olarak adlandırılır) ile bitmelidir, çünkü G ve C nükleotidler daha güçlü bağlara sahiptir, ancak dizinin son beş bazında üç veya daha fazla Gs veya C'ye sahip olmaktan kaçının.
Dört veya daha fazla bir bazdan (ACCCC... gibi) veya dört veya daha fazla di-nükleotid tekrarından (ATATATAT... gibi) kaçının çünkü bunlar yanlış hazırlamaya neden olabilir. Primer içi homolojiye sahip olmayan tasarım primerleri (birini tamamlayan üçten fazla baz) primerin kendisi) veya primerler arası homoloji (ileri ve geri primerin tamamlayıcı olduğu diziler). Bu, primerlerin istenen DNA dizisine bağlanmak yerine kendilerine bağlandığı self-dimerlere veya primer-dimerlere neden olabilir.
Astar tasarımına yardımcı olan veya kendi kendini tamamlama veya saç tokası gibi ikincil yapılar yapma potansiyeli için primer dizilerini kontrol etmeye yardımcı olan çevrimiçi kaynakları ve web sitelerini kullanın. Bazı primer tasarım web siteleri, Massachusetts Institute of Technology'nin Primer3'ünü, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'nin Primer-Blast'ını ve Integrated DNA Technologies'in OligoAnalyzer'ını içerir.