Tris veya tris (hidroksimetil) aminometan, DNA ekstraksiyon işlemi boyunca kullanılan yaygın bir biyolojik tampondur. Herhangi bir sayıda kaynaktan ekstraksiyon sırasında DNA pH'a duyarlıdır. Hücre lizizi, istenmeyen hücresel bileşenlerin uzaklaştırılması ve çökelme sırasında, sabit bir pH'ı korumak için tris kullanılır. Ek olarak, hücre lizizinde özellikle önemli bir rol oynar.
TL; DR (Çok Uzun; Okumadım)
DNA ekstraksiyonu pH'a duyarlı bir işlemdir ve bir tris tamponu kullanmak, pH'ın hücre lizizi ve ekstraksiyonu üzerinde sabit kalmasına yardımcı olur.
Tampon Olarak Tris
pH, bir dizi hücresel faktörü etkileyebileceğinden ve onlardan etkilenebileceğinden, deneysel bilim için sabit bir pH'ı korumak esastır. Tris gibi biyolojik tamponlar önemlidir çünkü pH'ı değiştirebilecek etkilere rağmen stabil bir pH'ı koruyabilirler. PKa'sı 8.1 olan Tris (hidroksimetil) aminometan, pH 7 ile 9 arasında etkili bir tampondur. Nötr aralığı nedeniyle tris, biyolojik laboratuvarlarda yaygın olarak kullanılan bir tampondur. Bununla birlikte, tris tamponu sıcaklığa duyarlıdır ve yanlışlığı önlemek için başlangıçta pH'ının ayarlandığı sıcaklıkta kullanılmalıdır.
Hücrelerin Lizizi
Lizis veya hücrelerin kırılması, DNA ekstraksiyonunun ilk adımıdır. Bu, tris ve EDTA (etilendiamintetraasetik asit) içeren bir tampon ile gerçekleştirilir. EDTA, kalsiyum ve magnezyum gibi iki değerlikli katyonları bağlar. Bu iyonlar hücre zarının bütünlüğünün korunmasına yardımcı olduğundan, bunların EDTA ile ortadan kaldırılması zarın dengesini bozar. Tris, ana tamponlama bileşenidir; başlıca rolü, tamponun pH'ını sabit bir noktada, genellikle 8.0'da tutmaktır. Ek olarak, tris muhtemelen membrandaki LPS (lipopolisakkarit) ile etkileşime girerek zarın dengesinin bozulmasına hizmet eder Daha ileri.
Tris DNA'yı pH Değişimlerinden Korur
Hücreler parçalandığında, DNA'ları ve içerikleri tampona dökülür. Ek olarak, RNaz A (RNA'yı yok eder), proteazlar (proteinleri yok eder) ve SDS (sodyum dodesil sülfat, zar parçalarını çözer) sıklıkla dahil edilir. Birlikte ele alındığında, bu hücresel içerik ve parçalanmış RNA ve protein çorbası, çözeltinin pH'ı üzerinde büyük bir etkiye sahip olabilir. DNA pH'a duyarlı olduğundan, tris'in çorbayı tamponlaması ve pH'ı sabit bir noktada tutması önemlidir.
DNA Yağış
DNA ekstraksiyonunun son aşamasında, DNA'nın kendisi solüsyondan ekstrakte edilir. Bu noktada, DNA tamponda çözünür. Çözeltiden ekstrakte etmek için, DNA, etanol veya izopropanol (izopropil alkol) eklenerek çözünmez hale getirilir. Bu yapıldığında, DNA, beyaz ipliksi bir madde olarak çözeltide belirgin hale gelir. DNA, kalan hücresel bileşenlerden bu şekilde izole edilebilmesine rağmen, çözünmediği zaman "kullanılabilir" değildir. İzolasyondan sonra alkol çıkarılır ve DNA'nın kullanılması için tris gibi biyolojik bir tampona geri döndürülmesi gerekir.
Kendin Yap
DNA ekstraksiyonu araştırma laboratuvarlarında yaygın olarak yapılmasına rağmen, genellikle birkaç yöntemden biri kullanılarak yapılır. ticari olarak temin edilebilen kitler, herkes ortak ev eşyaları ve yeşil kullanarak evde DNA ekstraksiyonu yapabilir. bezelye veya ıspanak. Bu durumda, DNA'yı pH kaymalarından korumak için tris veya herhangi bir biyolojik tampon mevcut değildir. Ancak, öğrencilerin hücresel DNA ile bağlantı kurmalarına yardımcı olmanın görsel bir yoludur.
