Jel elektroforezi, DNA'nın kendisini oluşturan moleküller düzeyinde analiz edilmesini sağlayan bir tekniktir. Bu DNA görselleştirme yönteminde, numuneler bir agaroz jel ortamına yerleştirilir ve jele bir elektrik alanı uygulanır. Bu, DNA fragmanlarının elektrokimyasal özelliklerine göre jel içerisinde farklı hızlarda göç etmesine neden olur.
etidyum bromür
Bu görselleştirme tekniği için, elektroforezden önce jel matrisini oluşturmak için etidyum bromür agaroz tozu, EDTA tamponu ve su ile karıştırılır. Sonuç olarak, etidyum bromür molekülleri matris boyunca homojen bir şekilde dağılır. Jelin kuyuları ilgili DNA örnekleri ve izleme boyaları ile doldurulduktan sonra, büyük, polar bileşikleri matris boyunca yavaşça çekmek için voltaj uygulanır.
Bu hareket sırasında DNA moleküllerinin bazları, etidyum bromür yükü sayesinde partiküllere geçici olarak bağlanarak onları sürükler. Jel elektroforezi tamamlandığında, her DNA molekülü önemli miktarda etidyum bromür almıştır.
Ultraviyole ışığının varlığında etidyum bromür floresan sergiler. Teknisyenler özel olarak kalibre edilmiş bir UV ışığını jel boyunca parlarken, bir makine parlayan parçaların resmini çeker.
Metilen mavisi
Bir UV transillüminatör mevcut değilse veya pratik değilse, teknisyenler DNA'yı normal koşullar altında görünür hale getirebilirler. Bitmiş agaroz jeli, içinde elektroforezlenmiş DNA ile gece boyunca bir metilen mavisi solüsyonunda ıslatılarak.
Önemli ölçüde hidrofobik bir anyon içeren bir klorür tuzu, metilen mavisi molekülleri tüm jel matrisine nüfuz eder. Bununla birlikte, DNA boyunca hidrojen bağı leke moleküllerinin birikmesine neden olur. Bu artan DNA leke yoğunluğu, çıplak gözle görülebilen daha derin bir mavi tonu verir.
Takip Boyaları
Teknisyenler, DNA bantlarının göreli boyutunun ötesinde, izleme boyaları adı verilen kimyasalları kullanarak her bir parçanın mutlak boyutunu (baz çiftlerinde) ölçebilir. Metilen mavisi veya etidyum bromür ilavesi olmadan görülebilen, bromofenol mavisi ve ksilen siyanol gibi izleme boyaları 300 nükleotit ve 4.000 nükleotitten oluşan DNA fragmanları ile aynı hızda elektroforez sırasında aragoz jel matrisleri, sırasıyla. Elektroforezde, daha büyük DNA parçaları, jel matrisi boyunca daha küçük parçalardan daha yavaş bir hızda hareket eder. Bu nedenle, izleme boyaları DNA fragmanlarının görünürlüğünü doğrudan etkilemezken, bir DNA fragmanının konumunu karşılaştırarak jelin içinde bu boyaların pozisyonuna getirilmesi, teknisyenlerin DNA fragmanının yaklaşık nükleotid sayısını "görmesine" izin verir. içerir.