Bir filogenetik ağaç, organizmaların ortak bir atadan nasıl ayrılabileceğini gösteren evrimsel ilişkilerin grafik bir temsilidir. Daha önce bu, canlı organizmaların ve fosillerin anatomi ve fizyolojisinin karşılaştırılmasıyla yapılırdı, ancak şimdi DNA nükleotit dizilerinden alınan genetik bilgiler yaygın olarak kullanılmaktadır. Bir filogenetik ağacın ayrı "dallarında" birkaç benzerliği olan organizmalar bulunabilir ve belirli ortak noktaları olanlar aynı dalın "dalları" üzerinde yer alabilir. Bir filogenetik ağaç, organizmalardaki türleri ve evrimsel değişiklikleri anlamak için bir yöntemdir.
İlişki karşılaştırması için bir model organizma seçin. Bu, bir organizmayı temsil eden bir tür, cins veya nükleotid dizisi ile yapılabilir. Örnek bir organizma bir inek olabilir. Ağacın geri kalanı, bir ineğin genetik özelliklere dayalı olarak diğer organizmalarla ne kadar yakından ilişkili olduğunu gösterecekti.
Bir dış grup seçin. Bir dış grup, daha az yakından ilişkili bir organizma veya çok farklı nükleotit dizisidir. Model organizma bir inek ise, olası bir dış grup bir balık olacaktır. İki organizma ne kadar farklıysa, filogenetik ağaçta o kadar aşağıda, ayrışan dal noktaları olacaktır. Saat, grafiğin en altında en eski tarih ve grafiğin en üstünde günümüz olacak şekilde temsil edilir. Dalların yerleşimi, geçmişte evrimsel bir özelliğin muhtemelen atasal bir organizmayı farklı türlere dönüştürdüğü zamanı yaklaşık olarak gösterir.
Karşılaştırma için kullanılacak bir dizi özellik belirleyin. Örnekler arasında "dört bacağı vardır", "geviş getirir", "canlı doğum yapar" veya "saç uzatır" sayılabilir. Nükleotid dizileri sadece Karakteristikleri belirleyen DNA'nın alfabetik temsilleri, bu nedenle başka bir seçenek şu olabilir: "diziyi içerir ATGGACACGGA."
Organizmaları özelliklerine göre ayırın. Bir organizma istenen özelliği içermediğinde, filogenetik ağaçta bir dal yapılır. “Dört ayaklıdır” özelliği için inekler, koyunlar ve geyikler bir dalda, balıklar ayrı bir dalda olacaktır. Poster panosunun üst köşesine bir inek resmi veya dizisini ve karşı köşeye balığı yapıştırın ve bunlardan kağıdın tabanına kesişen V şeklinde iki çizgi çizin.
Model organizmaları veya nükleotid dizilerini, her bir örnek daldan bir dal haline gelene kadar ayırmaya devam edin. "yünü vardır" özelliği, koyunları geyiklerden ve ineklerden tekil bir dalda ayırır. Koyun resmini balık resminin yanına yerleştirin ve V şeklinde ineğin dalına kadar uzanan bir çizgi çizin. "Kabarık kuyruğu var" özelliğini kullanmak, ineği geyikten ayırır. Geyik resmini inek ve koyun arasına yapıştırın ve balık ve koyun çizgilerinin üzerinde kesişen V şeklinde başka bir çizgi çizin. Her türün tek bir dalı olduğunda filogenetik ağaç tamamlanmıştır.