Farklı hayvanlar arasındaki ilişkiler taksonomi yoluyla kurulur. Taksonomi, canlıların sınıflandırılmasıdır. Bu sınıflandırmalar, en büyük gruplandırmadan tek bir hayvan türüne kadar şu şekilde ayrılır: Krallık, filum, alt filum, sınıf, takım, aile, cins, tür. Aynı türden olan hayvanlar çok yakından ilişkilidir ve aynı krallıktaki hayvanlar çok uzak akrabadır. Örneğin, tüm hayvanlar tek bir krallığın, Animalia'nın parçasıdır ve tüm bitkiler, Plantea krallığındadır.
Tüm örümcekler ve yengeçler, tüm böcekler gibi Arthopodia filumundadır. Eklembacaklılar fiziksel olarak birbirlerinden ayrılırlar, hepsinin parçalı, eklemli bacakları ve bir dış iskeleti vardır. Hem yengeçler hem de örümcekler aynı filumda gruplandırılmış olsa da, bu onların mutlaka yakından ilişkili oldukları anlamına gelmez. Örneğin, omurgası olan tüm hayvanlar Cordata filumundadır. Ancak balık ve maymunların her ikisinin de dikenleri olmasına rağmen çok farklı oldukları açıktır.
Örümcekler ve çoğu yengeç arasındaki bölünme, alt filum düzeyinde gerçekleşir. Örümcekler Cheilcerata alt filumundayken, yengeçlerin çoğu Mandibulata alt filumundadır. Aradaki fark, büyük ölçüde yengeçlerin bir mandibula, bir tür çeneye sahip olması ve örümceklerin ağızdan önce görünen ağız parçaları olan chelicerae'ye sahip olmasıdır. Örümceklerin "dişleri" chelicerae'dir.
At nalı yengeçleri, örümcekler Cheilcerata ile aynı alt filumdadır. Bu, at nalı yengeçlerini örümceklerle diğer yengeçlerden bile daha yakın akraba yapar. Örümcekler gibi, at nalı yengeçlerinin de çeneleri yoktur ve bunun yerine ağız kısımlarının önünde keliser bulunur. Örümcekler ve at nalı yengeçleri sınıf düzeyinde ayrılır. Örümcekler Arachnida sınıfında, at nalı yengeçleri ise Merostomata sınıfındadır.
Bir başka yengeç benzeri yaratık eskiden vardı ve Cheilcerata alt filumunda da sınıflandırılır. Bunlara "deniz akrepleri" denir. Yaklaşık 250 milyon yıl önce soyları tükendi. Bu "akrepler" kuyruklarının arkasında daha büyük bir iğneye sahipti ve boyu 6 fitten daha fazla büyümüştü. Bu onları muhtemelen şimdiye kadar yaşamış en büyük eklembacaklı yapar. Cheilcerata alt filumuna dahil edilmeleri, bu eski yengeç benzeri akrepleri yengeçlerden çok örümceklerle daha yakın akraba yapar.