Şişe burunlu yunus habitatı dünya çapında bulunur. Hayvanlar ılıman ve tropik bir iklimi tercih ederler ve hem Atlantik hem de Pasifik okyanuslarında bulunabilirler. kuzeyde Norveç ve Nova Scotia, güneyde Güney Afrika kadar, Japonya ve Kaliforniya yakınlarında ve güneyde Avustralya ve Şili. Şişe burunlu yunus ortamı açık okyanusu içerir ve Hawaii ve Polinezya'da bulunabilir. Şişe burunlu yunus biyomunun geniş dağılımı nedeniyle, habitatlarını paylaşan deniz hayvanları bir okyanus ikliminden diğerine farklılık gösterir.
Atlantik Okyanusu'nda yaşayan şişe burunlu yunuslar, yaşam alanlarını denizanaları, foklar ve kambur balinalar da dahil olmak üzere birçok farklı balina türüyle paylaşır. Bu yunuslar öncelikle ringa balığı, pisi balığı ve morina balığı ile beslenir. Ayrıca kalamar, ıstakoz ve yengeç türlerini de yerler. Şişe burunlu yunus en büyük deniz yırtıcılarından biri olmasına rağmen, bazen daha büyük orkaların ve köpekbalıklarının avıdır. Büyük beyaz ve kaplan köpekbalığı türleri, diğer birkaç küçük türle birlikte Atlantik sularında bulunabilir.
Pasifik Okyanusu'ndaki şişe burunlu yunuslar, yaşam alanlarını su samurları, foklar ve deniz aslanlarıyla paylaşır. Mavi balina da dahil olmak üzere birçok balina türü Pasifik'te bulunabilir. Ringa ve uskumru, Pasifik yunuslarının diyetinin büyük kısmını oluşturur ve derin suları ton balığı ve kılıç balığı gibi büyük balık türleri ile paylaşır. Yunusun Pasifik Okyanusu habitatında birkaç somon türü ve hatta barracuda bulunabilir.
Yunuslar her iklimde benzer balık türleri ile beslenirken, tropikal şişe burunlu mavi marlin, müren balığı, çekiç kafalı köpekbalıkları ve manta gibi çok çeşitli canlıların bulunduğu habitat ışınlar. Plankton yiyen dev bir balık olan balina köpekbalığı, derin suyu yunuslarla paylaşır ve sığ suyun çoğunu mercan resifleri oluşturur. Papağan balığı, kirpi balığı, palyaço balığı ve diğer birçok küçük tür, kestaneler, deniz yıldızları ve diğer omurgasızlarla birlikte bu resiflerin yakınında yaşar.
Şişe burunlu yunusların habitatlarına ve bu habitatları paylaşan canlılara zarar vermekten insanlar sorumludur. Aşırı avlanma, yunusun ana besin kaynağı olan morina ve diğer balık popülasyonlarını tüketti. Yunusları ve diğer canlıları yakalayan, onları yaralayan ve öldüren ton balığı ağlarından da insanlar sorumludur. Plastiklerden ve böcek ilaçlarından kaynaklanan kirliliğin de yunuslara zarar verdiği gösterilmiştir. Askeri sonardan kaynaklanan gürültü kirliliği, yunusların ve balinaların ekolokasyonunu engeller. İnsanlar, yunus habitatlarını bu atık ve kirlilikten korumaktan ve temizlemekten sorumludur.