Yağmur ormanları ekosistemleri, Dünya'daki en yoğun ve çeşitli hayvan topluluklarından bazılarına ev sahipliği yapar. Ancak, yağmur ormanları zengin kaynakları nedeniyle sürekli olarak sömürülmektedir. Madencilik ve ormansızlaşma gibi insan uygulamalarının bu habitatlar üzerinde ciddi etkileri vardır ve sayısız hayvan türünün endişe verici bir oranda evlerini kaybetmesine neden olur.
kuşlar
Güney ve Orta Amerika yağmur ormanlarındaki birçok tukan, papağan ve diğer tropik kuş türleri, ağaç kesimi ve diğer ormansızlaşma nedenleri nedeniyle yok olma tehlikesiyle karşı karşıyadır. Dünya çapında bilinen en büyük kartal türlerinden biri olan harpy kartalı, güney Meksika'dan doğu Bolivya'ya kadar olan tropikal yağmur ormanı ovalarında büyür; bu kuşun yaşam alanı, ormansızlaştırma uygulamalarının yanı sıra madencilik ve petrol sondajı gibi endüstriyel uygulamalardan yuvalama alanlarının tahrip edilmesi nedeniyle sürekli olarak küçülüyor. Habitat kaybı aynı zamanda binlerce göçmen kuş türünü de tehdit etmektedir. Bu türler, Kuzey Amerika yazında kuzeye, kışın ise tropik bölgelere seyahat eder; her yıl daha fazla ev ve/veya tahrip edilmiş yuvalama yeri bulmak için geri dönüyor.
memeliler
En küçük kemirgenden en büyük yırtıcıya kadar çok çeşitli memeli türleri yağmur ormanlarında yuvalarını kaybediyor. Birçok büyük memeli, yiyecek aramak ve/veya avlanmak için bolca alana ihtiyaç duyar. Belirli alanlarda endüstriyel uygulamalar ilerledikçe, goriller, jaguarlar ve pumalar gibi yağmur ormanı memelileri, kendilerini yetersiz kaynaklara sahip parçalanmış habitatlarla sınırlamak zorundadır. Ormansızlaşma, uçan sincap ve meyve yarasası gibi arboreal memelileri (ağaçlarda yaşayanlar) ve ayrıca birkaç maymun türünü doğrudan etkiler. Tüm topluluklar evsiz kaldı ve onları hazırlıksız oldukları ağaçsız ortamlara uyum sağlamaya zorladı.
Sürüngenler ve Amfibiler
Ormansızlaşma, çoğu yağmur ormanı sürüngeni için habitat kaybının ana nedenini sağlarken, birçok amfibi türü de evlerini kaybediyor. göletleri, nehirleri ve akarsuları kirleten ve onları yarı suda yaşayan yaşam tarzları için yeni su kaynakları bulmaya zorlayan petrol sondajı ve madencilik uygulamaları. Tehdit altındaki ve nesli tükenmekte olan sürüngen ve amfibi türleri arasında altın kurbağa, Madagaskar gündüz kertenkelesi ve iguanaların yanı sıra, özellikle Kolombiya'dakiler olmak üzere çeşitli zehirli ok kurbağası türleri bulunur.