Kamboçya, kereste hasadı ve tarım için temiz kesim ile motive edilen, dünyadaki en yüksek üçüncü ormansızlaşma oranına sahiptir. Ormansızlaşma, habitatları yok eder ve hassas tropikal toprakların dengesini bozar. Toprağı yerinde tutan ve organik maddeyi yaprak çöpüyle dolduran ağaçlar olmadan, toprak hızla aşınır ve ekimin ilk birkaç yılında verimliliğinin çoğunu kaybeder.
Kamboçya'nın, balıklar için önemli yumurtlama alanları sağlayan ve sel baskınlarına karşı koruma sağlayan mangrov ormanlarından oluşan kıyı ekosistemleri, çeşitli faktörlerin tehdidi altındadır. Kıyı ekosistemleri, yakın zamanda iç kesimlerde ormansızlaştırılan alanlardan gelen tortular tarafından boğuluyor. Bu sular ayrıca tehlikeli pestisitler ve gübreler de taşır. Kötü düzenlenmiş karides çiftlikleri, mangrovların temizlenmesine ve fazla besin maddelerinin suya salınmasına neden olarak alglerin aşırı büyümesine ve ekosistemin bozulmasına neden olur.
Kamboçya sanayileşirken, insanlar sanitasyon altyapısının yetişemeyeceği kadar hızlı büyüyen kentsel alanlara akın ediyor. Birçok alanda kanalizasyon sistemi yoktur veya en iyi ihtimalle işlevsizdirler. Kanalizasyon ve endüstriyel atık sular birçok kentsel alanda yeraltı ve yüzey sularını kirletmektedir. Tehlikeli katı atıklar genellikle, yeraltı suyuna sızabileceği veya rüzgarla savrulabileceği depolama sahalarını açmanın yolunu bulur.