Eukaryoter är alla typer av organismer som har komplexa celler som inkluderar mitokondrier, kärnor och andra celldelar. De tre huvudcellgrupperna är svampar, växter och djur. Många svampar är endast relaterade till växter på ett ytligt sätt. De kan se ut som växter och har cellväggar som liknar växtcellväggar, men det finns ett frenologiträd som visar hur svampar kan vara närmare besläktade med djur än växter. Eftersom djur är närmare svampar än växter i evolutionens historia, kan man säga att en svamp är närmare "släkt" till en människa än grönsaker på en salladsbar.
Protein
Svampens proteinsekvenser liknar mer djur än växter. Exempelvis ser cellulärt slemformprotein mer ut som animaliskt protein än växtprotein. Längden på ribosomerna i svampar visar en aminosyra som liknar muskler. I själva verket finns det flera aminosyrasekvenser som liknar tungkedjiga proteiner hos däggdjur. En av dessa aminosyror är 81 procent identisk med en human aminosyra.
Klorofyll
Växtcellulosa skiljer sig från svampcellulosa. Vid röntgen är växtcellulosa mer kristallin än svampcellulosa. Både svampar och djur innehåller inte kloroblaster, vilket innebär att varken svampar eller djur kan bearbeta fotosyntes. Klorofyll gör växter gröna och ger växtnäring. Däremot absorberar svampar näringsämnen från sönderdelande växtmaterial genom en enzymatisk process, och djur äter sin mat.
Kitin
Svampar och djur innehåller båda en polysackaridmolekyl som kallas kitin som växter inte delar. Kitin är ett komplext kolhydrat som används som en strukturell komponent. Svampar använder kitin som det strukturella elementet i cellväggarna. Hos djur finns kitin i insekts exoskelett och i blötdjurens näbbar. Kitin fungerar på samma sätt som växtcellulosa, men kitin är starkare. Studier gjorda på svamppolysackarider visade att tillsats av alkaliinnehållande kväve förstörde svampar och producerade ättiksyra. Dessa kemiska reaktioner inträffade inte i växtpolysackarider.
Svampar är inte alger
Alger är de enklaste och mest primitiva växterna. 1955, Dr. George W. Martin drog slutsatsen att svampar härrör från alger som förlorat klorofyll. Men Martins hypotes ansåg inte att atmosfäriska förhållanden kan ha varit annorlunda när livet började än vad de var 1955. Martin tog inte heller hänsyn till att kvävebindande bakterier kunde ha funnits redan innan växter utvecklades, vilket kunde ha använts som en matkälla för svamparna. 1966, Dr. A.S. Sussman observerade att medan svampar såg ytligt ut som alger, fanns det aspekter av svampar, såsom cellkärnor och organisation, som inte kunde förklaras.
Steroler
Vissa biologer har citerat att djur- och svampsteroler är olika, därför kan svampar inte likna djur. Djur producerar kolesterol, medan svampar producerar ergosterol. Vid närmare undersökning innehåller både svamp- och djursteroler lanosterol, medan fytosteroler i gröna växter innehåller cykloartenol.
Dess egen kategori?
Kanske svampar kommer varken från växter eller encelliga djur. Vissa biologer har hävdat att svampar skiljer sig fylogenetiskt från alla andra eukaryoter. Svampar verkar vara unika i det faktum att de ensamma kräver en översättningsförlängningsfaktor som kallas EF-3. Det finns några proteinaktiviteter som är väsentliga för in vivo-förlängning.