Forskare använder flödescytometri för att skilja mellan olika typer av celler eller mikroskopiska organismer. Det är ett verktyg som används i många applikationer såsom medicinsk diagnostik eller kriminalteknisk patologi. Medan den här experimentella tekniken är ganska lätt att genomföra, produceras analysen av komplexa data av flödescytometern är svårare på grund av flera experimentella faktorer och / eller cytometer parametrar. Som sådan är det rutin att cytometriska data visualiseras och analyseras med hjälp av sofistikerade professionella program som CELLQuest eller FlowJo. Kännedom om flödescytometritekniker, maskiner och programvara är nödvändig för att förstå de resultat som produceras av dessa experiment.
Förklara syftet med experimentet genom att fråga "Vad var frågan eller hypotesen som undersöktes?" Detta kommer att vara krävs för att justera de råa resultaten till lämpligt format och inställningar för vidare analys med statistisk cytometri programvara. Gör de ändringar som är nödvändiga för att data ska visas med relevanta inställningar (t.ex. positiva celler, negativa grindar, fluorescensintensitet, cellpopulationer etc.).
Hitta grindar. Celler kan grupperas eller helt enkelt observeras grupperade på ett täthetsdiagram eller konturdiagram. Grupperna separerar ofta beroende på deras identitet. Om en grupp fläckar mycket intensivt för en viss markör eller antikropp dras slutsatsen att medlemmarna i den gruppen alla har identiteten för den specifika celltypen, som uttrycker den markören. Det är vanligt att hitta celler som är positiva för mer än en av dessa markörer, och dessa celler är vanligtvis en mellanprodukt och betecknas som "dubbelpositiv".
Titta på spridningsbilder. Hur grupperna av celler sprids i ett spridningsdiagram är en indikation på storleken på cellerna. Celler med mycket stora eller höga spridningar är vanligtvis stora celler; de kan emellertid vara stora helt enkelt för att de innehåller en hög andel cytoplasma, eller de kan vara höga för att de har en mycket stor kärna. Beroende på vilken biologi som undersöks kommer detta naturligtvis att variera mycket mellan experiment.
Titta på siffror. Justera plottorna så att de visar olika parametrar på en axel (vanligtvis X-axeln) medan du håller räkningarna på Y-axeln. Detta indikerar den andel av provpopulationen som är positiv för den specifika parametern, som a topp kommer normalt att observeras i ett positivt färgat prov, som kommer att saknas från den negativa kontrollen prov.
Titta på flera parametrar histogram. Genom att justera X-axeln och Y-axeln för att representera var och en en annan parameter som var undersöktes under experimentet är det möjligt att få en djupare förståelse för egenskaperna av provet. Till exempel, genom att ställa X-axeln till röd fluorescens och Y-axeln till grön fluorescens, kan grindar i kvadratstil beräknas för prov för att visa fyra regioner i en kvadrant i vilka celler finns och färgas för antingen röd eller grön fluorescens, båda färgerna eller ingen vid Allt. Detta gör att ett heterogent prov kan delas in i dess komponentdelar och eventuella överlappande enheter som kan visualiseras och kvantifieras.
Referenser
- ”Analys av flödescytometrodata”; Susan Sharrow; 1991
- ”Flödescytometri: instrumentering och dataanalys”; Marvin Van Dila; 1985
- ”Flödescytometriprotokoll”; Teresa och Robert Hawley; 2004
Om författaren
Palmer Owyoung har en magisterexamen i internationell verksamhet från University of California i San Diego och en Kandidatexamen i sociologi från University of California i Santa Barbara och är utbildad molekylär biolog. Han har varit frilansskribent sedan 2006. Förutom att skriva är han heltidsförhandlare och internetmarknadsförare.
Fotokrediter
Polka Dot RF / Polka Dot / Getty Images