Микробиологија је проучавање организама који су премали да би се могли гледати без помоћи. Микробиологија се може категорисати на много различитих начина, како и приличи проучавању организама који су далеко бројнији од вишећелијских организама. Микробиологији се може приступити проучавању различитих таксономских подела или поделити по групама организама који се проучавају. Микробиологија се такође може сматрати скупом различитих поља проучавања или се може поделити разматрањем различитих активности које микробиолози предузимају.
Дивизије
Биолози су сав живот на Земљи класификовали у једну од три огромне таксономске групе назване домени: археје, бактерије и еукарије. Археје и бактерије су прокариоти, организми чије ћелије немају централно језгро. Сви су једноћелијски организми. Бактерије се обично разликују по препознатљивој структури у свом спољном омотачу - ћелијском зиду изграђеном од молекула званих пептидогликани. Археје су сличне бактеријама, само што њихова унутрашња биохемија делује по другачијим правилима и многе од њих су прилагођене суровим срединама. Еукарију карактеришу ћелије које у својим ћелијама имају језгра и друге јединствене унутрашње структуре. Иако су многи еукариоти велики организми, као што су слонови, дрвеће секвоје и људи, велика већина еукариотских врста су једноћелијски микроорганизми.
Групе
Други начин поделе проучавања микробиологије су све групе једноћелијских организама. Ово игнорише таксономски ниво организама и у основи сматра да сви ентитети испод одређене величине потпадају под кишобран микробиологије. То укључује бактерије и археје, који су домени, и гљиве, алге и протозое, које су царства у домену еукарије. Такође укључује вирусе који нису у било којој таксономској класификацији живих организама.
Гљиве укључују плесни и квасац. Алге су једноћелијске биљке, оне које површину рибњака претварају у зелено или жуто. Праживотиње су попут једноћелијских животиња - углавном су покретније од алги или гљивица. Вируси су потпуно друга група ентитета који прелазе границу између живог и неживог, али њихова студија такође потпада под кишобран микробиологије.
Дисциплине
Микробиологија се такође може класификовати по дисциплинама које проучавају микробиологију. На пример, имунолози проучавају механизме настанка људских болести изазваних инфекцијом од бактерија, гљивица, вируса или протозоа, док епидемиолози проучавају начин на који су инфекције преноси. Прехрамбени и пољопривредни микробиолози проучавају начин на који се гљивице или бактерије могу користити за производњу хране - заједно са механизмима помоћу којих микроорганизми могу оштетити усеве. Биотехнолози траже начине да користе микроорганизме за производњу материјала корисних човечанству.
Активности
Микробиолози обављају различите активности током проучавања микроскопских целина, а микробиологија се такође може класификовати на основу тих активности. Они су згодно организовани у групе које се називају шест „Ја“. Тих шест „Ја“ могу се изразити као инокулација, инкубација, изолација, инспекција, истрага и идентификација. Они се односе на процесе култивисања, узорковања, посматрања и испитивања микроорганизама.