Много је разлика између прокарионтских и еукариотских ћелија. Неке од ових разлика су структурне, док су друге процедуралне. Два од процеса који се битно разликују између прокариота и еукариота су експресија гена и њихова регулација. Обе врсте ћелија преписују ДНК у мРНК, која се затим преводи у полипептиде, али се специфичности ових процеса разликују.
Локација
Прокарионима недостају језгра и други органели, који су специјализовани, мембрански везани одељци, док их еукариоти имају. Заправо, реч „еукариот“ значи „истинско језгро“. У еукариота се геном ћелије налази у језгру. Транскрипција се тако јавља у језгру, а мРНК транскрипт се потом извози кроз нуклеарне поре (поре у нуклеарној овојници) у цитоплазму ради транслације. Супротно томе, прокариотска транскрипција и превод нису просторно или временски одвојени.
Покретање транскрипције
Промотивни елементи су кратке секвенце ДНК које се везују за ћелијске факторе иницијације транскрипције. Прокариоти имају три промоторска елемента: један који је узводно од гена који се транскрибује, један који је 10 нуклеотида низводно од њега и један који је 35 нуклеотида низводно. Еукариоти имају много већи скуп промоторских елемената, а примарни је ТАТА оквир. Фактори иницијације транскрипције еукариота окупљају иницијацијски комплекс који се раздваја на крају иницијације. Фактори иницијације прокариотске транскрипције не сачињавају иницијацијски комплекс.
Рибозоми
Рибосоми су места за превођење састављена од РНК и протеина која се везују за ћелијску мРНК и тРНК. Прокариоти имају 70С рибосома, док еукариоти имају 80С рибосома. „С“ се односи на коефицијент седиментације, меру величине, масе и облика честице. Рибозом 80С састоји се од подјединице 40С и подјединице 60С, док се риболов 70С састоји од подјединице 30С и подјединице 50С.
Поликистронска мРНК
Поред тога што имају различиту машину за транскрипцију и транслацију, прокариоти и еукариоти се разликују и по својој регулацији гена. Еукариотска регулација је много сложенија и често се ослања на различите механизме повратних информација, развојне процесе и факторе животне средине. Супротно томе, прокариоти регулишу читаве метаболичке путеве, уместо да регулишу сваки ензим одвојено. Ензими бактерија за дати пут су суседни једни с другима на ћелијској ДНК и преписују се у једну мРНК. Ова мРНК назива се поликистронска мРНК. Када ћелији требају више или мање ензима на путу, она једноставно транскрибује више или мање мРНК на том путу.
