Научници имају способност секвенцирања молекула ДНК; другим речима, они могу одредити редослед база нуклеотида у било ком датом молекулу. Секвенцирање молекула ДНК може бити први од низа корака потребних да би се утврдило како је специфичан нуклеотиди у молекулу ДНК међусобно делују и кодирају различите карактеристике у организам. Процес секвенцирања ДНК је прилично укључен, али аутоматски ДНК секвенцери смањују људско учешће потребно, барем за део процеса.
Припрема узорка
Да би аутоматски ДНК секвенцер радио, он мора да открије четири нуклеотидне базе које чине ДНК: аденин, гванин, тимин и цитозин. Научници много пута копирају комад ДНК и користе рестрикционе ензиме како би ДНК исекли на комаде различитих величина. Затим додају малу количину флуоресцентно обележене базе у сваку серију ДНК. База, која је или аденин, тимин, гванин или цитозин, везаће се за свој базни комплемент на крају нити. На пример, аденин ће се везати за нити које се завршавају тимином, а гванин ће везати за нити које се завршавају цитозином.
Аутоматска конструкција ДНК секвенцера
Аутоматски ДНК секвенцер је направљен слично као ДНК секвенцер који захтева више ручног рада. Конкретно, аутоматски ДНК секвенцер је резервоар, дуг око 1 стопа, са 96 јамица са гелом у које се може сипати ДНК. У аутоматском ДНК секвенцеру, баш као и у било ком ДНК секвенцер, ДНК се убризгава у гелске јамице на врху резервоара, а негативни набој се примењује на тај крај резервоара. Негативно наелектрисање даје снажан подстицај ланцима ДНК да пређу различите удаљености, до краја резервоара.
Аутоматско убризгавање
Аутоматски ДНК секвенцер аутоматски убризгава серије ДНК у врх гела. Као такав, штеди истраживачима огромну количину времена и труда. Након убризгавања шаржа, секвенцер аутоматски примењује негативно наелектрисање на један крај резервоара, узрокујући да праменови мигрирају на различитим растојањима кроз гел. Различита растојања одражавају различите величине ДНК ланаца који пролазе кроз гел.
Детектор
Много аутоматских машина за секвенцирање ДНК постављено је за откривање флуоресцентне боје на нитима ДНК који пролазе кроз гел. Притом могу да идентификују нуклеотиде који се налазе на крајевима нити и забележе их у рачунар. Међутим, секвенцери у најбољем случају представљају помешану верзију ДНК нуклеотида. Након што користите аутоматску машину за секвенцирање ДНК, морате проћи кроз процес који се назива „дорада“, у коме је комбинација рачунара а истраживачи сортирају резултате откривања ланца ДНК како би објединили податке у свеобухватан опис ДНК нит. Није изненађујуће што овај процес може трајати много дуже од стварног процеса секвенцирања.